R: Как изменить значение FDR по умолчанию, встроенное в функцию nbinomTest()?

Question

У меня есть таблица, вот и начало:

WE1_counts  WE2_counts  M1_counts   M2_counts   M3_counts
YAL008W 465 291 911 926 946
YBR255W 1040    1357    1428    1304    1112
YGR131W 95  170 230 113 138
YNL003ßC    1800    3107    3979    3012    2899
YBR135W 1094    2143    936 860 561

Цель состоит в том, чтобы найти дифференциально выраженные гены между условиями "W" и "M". Вот мой код для этого:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DESeq")

library("locfit")
library("lattice")
library("DESeq") 

condition= c("W", "W", "M", "M", "M")
#data = table given above
cds1 = newCountDataSet(data, condition)

#Normalization
cds1=estimateSizeFactors(cds1)
sizeFactors(cds1)
head( counts( cds1, normalized=TRUE ) )

#Estimate dispersion
cds1 = estimateDispersions( cds1 )
dev.new()
plotDispEsts( cds1 )
head( fData(cds1) )

# Plotting mean vs log2FoldChange
res = nbinomTest( cds1, "W", "M")
dev.new()
plotMA(res)

У меня такой вопрос: функция nbinomTest() возвращает мне дифференциально экспрессированные гены, основанные на 10% FDR. Есть ли способ изменить это число? Могу ли я проверить наличие дифференциально экспрессируемых генов, например, в 5% FDR?

Answer 1

nbinomTest просто настраивается на множественные сравнения, затем вы сами применяете отсечение.

counts(cds1)[which(res$padj < my.fdr),]

Если, с другой стороны, вы не хотите контролировать срез (в частности, α \alpha) самой процедуры FDR, тогда вам может понадобиться это (не использовал это, хотя)

PS: Кстати, при кодировании на R, пожалуйста, используйте рассмотреть возможность использования <- вместо =