h5py setup.py на Mac: файл hdf5.h не найден

Question

Я собираю h5py на Mac, следуя инструкциям "Сборка на основе параллельного HDF5" по этой ссылке: http://docs.h5py.org/en/latest/build.html

$ export CC=mpicc
$ python setup.py configure --mpi
$ sudo python setup.py build

Я получаю эту ошибку:

h5py-2.5.0/h5py/api_compat.h:27:10: fatal error: 'hdf5.h' file not found

Что я должен делать? Если мне нужно установить какую-то dev-версию HDF5, как мне это сделать на Mac?

Answer 1

Вчера я получал то же самое сообщение об ошибке, выполняя общую установку HDF5 (не создавая параллель). Я смог обойти это с помощью Homebrew (менеджер пакетов для OS X, который можно найти здесь: http://brew.sh/).

После того, как вы установили Homebrew (если у вас его еще нет), команда brew install hdf5,

Answer 2

Вы можете найти hdf5.h lib в вашем Unix и установить в CPATH переменную

Пример FreeBSD 11:

>> find /usr -iname "*hdf5.h*"  
<< /usr/local/include/hdf5.h
>> export CPATH="/usr/local/include/"

Тогда вы можете собрать то, что вам нужно