Отображение хороплета в R с отсутствующими данными
Я пытаюсь составить карту болезни в Онтарио. Границы организованы FSA (область прямой сортировки), но у меня отсутствуют данные по многим областям. Когда я сопоставляю это, это раскрашивает области, у которых нет никаких данных. Я попытался вставить "NA" для всех пропущенных областей, и я также попытался удалить их. Ничто не похоже на работу:(Любые идеи будут удивительными!
Вот пример моих данных, а также мой код:
FSA Controls Cases Total
1 H0M NA NA NA
2 J0P NA NA NA
3 J0S NA NA NA
4 J0V NA NA NA
5 J0X NA NA NA
6 J0Z NA NA NA
7 J8M NA NA NA
8 J8P NA NA NA
9 J8R NA NA NA
10 J8T NA NA NA
11 J8X NA NA NA
12 J8Y NA NA NA
13 J9A NA NA NA
14 J9H NA NA NA
15 J9J NA NA NA
16 J9V NA NA NA
17 R0E NA NA NA
18 X0A NA NA NA
19 K0A 4 1 5
20 K0B 2 0 2
library(spdep)
junk <- EBest(new.data$Cases, new.data$Total, family="poisson") # or binomial
new.data$r <- junk$raw # raw prevalence risk estimate
new.data$eber <- junk$estmm # smoothed risk estimate
#gray-scale choropleth map
new.data$colscale <-
ifelse(new.data$eber <= quantile(new.data$eber, probs = .05), .8,
ifelse(new.data$eber <= quantile(new.data$eber, probs = .5), .6,
ifelse(new.data$eber <= quantile(new.data$eber, probs = .95), .4,.2)))
library(maptools)
windows();
par(pty="s", cex=1.2)
plot(map.shp, axes=F, col=gray(new.data$colscale))