Отображение хороплета в R с отсутствующими данными

Я пытаюсь составить карту болезни в Онтарио. Границы организованы FSA (область прямой сортировки), но у меня отсутствуют данные по многим областям. Когда я сопоставляю это, это раскрашивает области, у которых нет никаких данных. Я попытался вставить "NA" для всех пропущенных областей, и я также попытался удалить их. Ничто не похоже на работу:(Любые идеи будут удивительными!

Вот пример моих данных, а также мой код:

FSA Controls Cases Total
1   H0M       NA    NA    NA
2   J0P       NA    NA    NA
3   J0S       NA    NA    NA
4   J0V       NA    NA    NA
5   J0X       NA    NA    NA
6   J0Z       NA    NA    NA
7   J8M       NA    NA    NA
8   J8P       NA    NA    NA
9   J8R       NA    NA    NA
10  J8T       NA    NA    NA
11  J8X       NA    NA    NA
12  J8Y       NA    NA    NA
13  J9A       NA    NA    NA
14  J9H       NA    NA    NA
15  J9J       NA    NA    NA
16  J9V       NA    NA    NA
17  R0E       NA    NA    NA
18  X0A       NA    NA    NA
19  K0A        4     1     5
20  K0B        2     0     2

library(spdep)
junk <- EBest(new.data$Cases, new.data$Total, family="poisson") # or binomial
new.data$r <- junk$raw      # raw prevalence risk estimate
new.data$eber <- junk$estmm # smoothed risk estimate

#gray-scale choropleth map
new.data$colscale <-  
  ifelse(new.data$eber <= quantile(new.data$eber, probs = .05), .8,
     ifelse(new.data$eber <= quantile(new.data$eber, probs = .5), .6,
            ifelse(new.data$eber <= quantile(new.data$eber, probs = .95), .4,.2)))

library(maptools)
windows(); 
par(pty="s", cex=1.2)
plot(map.shp, axes=F, col=gray(new.data$colscale))

0 ответов

Другие вопросы по тегам