Составить генеалогию в R

Question

Составить генеалогию в R

d = data.frame(
   offspring = c("G2I1", "G2I2", "G2I3", "G3I1", "G3I2", "G3I3", "G3I4", "G4I1", "G4I2", "G4I3", "G4I4", "G5I1", "G5I2", "G5I3"  ),
   parent1   = c("G1I1", "G1I2", "G1I1", "G2I1", "G2I3", "G2I1", "G2I3", "G3I2", "G3I2", "G3I1", "G3I4", "G4I3", "G4I3", "G4I1" ),
   parent2   = c("G1I3", "G1I2", "G1I2", "G2I2", "G2I2", "G2I2", "G2I3", "G3I4", "G3I1", "G3I2", "G3I4", "G4I1", "G4I1", "G4I2" )
)

print(d)

        offspring parent1 parent2
    1       G2I1    G1I1    G1I3  # generation 2
    2       G2I2    G1I2    G1I2  # generation 2
    3       G2I3    G1I1    G1I2  # generation 2
    4       G3I1    G2I1    G2I2  # generation 3
    5       G3I2    G2I3    G2I2  # generation 3
    6       G3I3    G2I1    G2I2  # generation 3
    7       G3I4    G2I3    G2I3  # generation 3
    8       G4I1    G3I2    G3I4  # generation 4
    9       G4I2    G3I2    G3I1  # generation 4
    10      G4I3    G3I1    G3I2  # generation 4
    11      G4I4    G3I4    G3I4  # generation 4
    12      G5I1    G4I3    G4I1  # generation 5
    13      G5I2    G4I3    G4I1  # generation 5
    14      G5I3    G4I1    G4I2  # generation 5

Представление данных

Эти данные представляют генеалогию. Каждая строка указывает на потомство и двух его родителей. Я звоню им parent1 а также parent2 потому что они гермафродиты. Кроме того, они могут клонировать себя! Поколения не пересекаются, а это означает, что все родители потомков поколения n родились в поколении n-1,

Давайте рассмотрим пример. Индивидуальный G3I4 родился в поколении 3 (G3) и является индивидуальным индексом 4 этого поколения (I4; индекс это просто идентификатор). Этот человек является родителем человека G4I1 и отдельных G4I4, По факту, G3I4 единственный родитель G4I4 как она клонировала себя.

Вопрос

Как я могу построить эту генеалогию в R?

Связанный пост

Пост Как построить семейное древо в R очень связан, но я не смог применить его к своим данным. Первый вопрос использует igraph с которым я не очень знаком. Но я не смог ничего хорошего

d = tibble(
       offspring = c("G2I1", "G2I2", "G2I3", "G3I1", "G3I2", "G3I3", "G3I4", "G4I1", "G4I2", "G4I3", "G4I4", "G5I1", "G5I2", "G5I3"  ),
       parent1   = c("G1I1", "G1I2", "G1I1", "G2I1", "G2I3", "G2I1", "G2I3", "G3I2", "G3I2", "G3I1", "G3I4", "G4I3", "G4I3", "G4I1" ),
       parent2   = c("G1I3", "G1I2", "G1I2", "G2I2", "G2I2", "G2I2", "G2I3", "G3I4", "G3I1", "G3I2", "G3I4", "G4I1", "G4I1", "G4I2" )
    )

d2 = data.frame(from=c(d$parent1,d$parent2), to=rep(d$offspring,2))
g=graph_from_data_frame(d2)
co=layout.reingold.tilford(g, flip.y=T)
plot(g,layout=co)

но некоторые люди, которые не оставляют потомства, отсутствуют на графике.

Второй ответ использует kinship2, Насколько я понимаю, kinship2 не может иметь дело с бесполым размножением.

3

r plot graph igraph genealogy

Источник

user2051137 26 фев '18 в 05:13

1 ответ

Решение

Другие вопросы по тегам r plot graph igraph genealogy

user5038157 28 фев '18 в 21:34 2018-02-28 21:34 · Accepted Answer · 2018-02-28 21:34

Единственное, что я вижу неправильно - это перекрывающиеся узлы в G1. Имея больше информации, я с удовольствием подправлю вывод по мере необходимости.

library(igraph)
d = data.frame(
  offspring = c("G2I1", "G2I2", "G2I3", "G3I1", "G3I2", "G3I3", "G3I4", "G4I1", "G4I2", "G4I3", "G4I4", "G5I1", "G5I2", "G5I3"  ),
  parent1   = c("G1I1", "G1I2", "G1I1", "G2I1", "G2I3", "G2I1", "G2I3", "G3I2", "G3I2", "G3I1", "G3I4", "G4I3", "G4I3", "G4I1" ),
  parent2   = c("G1I3", "G1I2", "G1I2", "G2I2", "G2I2", "G2I2", "G2I3", "G3I4", "G3I1", "G3I2", "G3I4", "G4I1", "G4I1", "G4I2" ),
  stringsAsFactors = F
)

d2 = data.frame(from=c(d$parent1,d$parent2), to=rep(d$offspring,2))
g=graph_from_data_frame(d2)
#co=layout.reingold.tilford(g, flip.y=T)
co1 <- layout_as_tree(g, root = which(grepl("G1", V(g)$name)))
#plot(g,layout=co, edge.arrow.size=0.5)
plot(g,layout=co1, edge.arrow.size=0.25)