Написание.bib файла из R с рефератами

Question

У меня есть файл.bib (загруженный из Web of Science), и я хочу импортировать его в R, заменить все экземпляры "in light of" на "CONSIDERING" и экспортировать его как файл.bib. Мне не удалось найти функцию, которая может записать мои данные обратно в файл.bib. WriteBib не работает, потому что refs является объектом "pairlist", а не "bibentry". Любой совет, как экспортировать файл.bib, который может быть импортирован в Mendeley? Спасибо за вашу помощь!

вот код:

library(bibtex)
library(RefManageR)

refs = do_read_bib("/Users/CarrieAnn/Downloads/savedrecs (1).bib", encoding = "unknown", srcfile)

for (i in 1:length(refs)) {
  refs[[i]] = gsub("in light of", "CONSIDERING", refs[[i]])
}

Answer 1

Я думаю, что ваш самый простой вариант - рассматривать файл.bib как обычный текстовый файл. Попробуй это:

raw_text  <- readLines("example.bib")
new_text  <- gsub("in light of", "CONSIDERING", raw_text)
writeLines(new_text, con="new_example.bib")

Содержание example.bib:

%  a sample bibliography file
%  

@article{small,
author = {Doe, John},
title = {A small paper},
journal = {The journal of small papers},
year = 1997,
volume = {-1},
note = {in light of recent events},
}

@article{big,
author = {Smith, Jane},
title = {A big paper},
journal = {The journal of big papers},
year = 7991,
volume = {MCMXCVII},
note = {in light of what happened},
}

Выход из new_example.bib:

%  a sample bibliography file
%  

@article{small,
author = {Doe, John},
title = {A small paper},
journal = {The journal of small papers},
year = 1997,
volume = {-1},
note = {CONSIDERING recent events},
}

@article{big,
author = {Smith, Jane},
title = {A big paper},
journal = {The journal of big papers},
year = 7991,
volume = {MCMXCVII},
note = {CONSIDERING what happened},
}

Немного объяснения:
BibEntry объекты имеют нестандартные внутренние компоненты и с ними трудно работать, кроме функций, предоставляемых в RefManageR пакет. Как только вы unclass или уменьшить BibEntry возражать против списка, становится трудно положить обратно в bib формат, из-за требуемого сочетания полей и атрибутов объекта. (И что еще хуже, bibtex а также RefManageR не имеют точно такую ​​же внутреннюю структуру, поэтому трудно конвертировать из одного контекста в другой.)

Answer 2

Попробуйте изменить свой код следующим образом (обязательно используйте read.bib Функция и в цикле, ссылки на поля, в которых появляется текст, который вы хотите изменить, например, "примечание" или "заголовок". Для файла примера, предоставленного @andrew_reece, он должен работать так:

refs = read.bib("example.bib", encoding = "unknown", srcfile)

for (i in 1:length(refs)) {
   refs$note[i] = gsub("in light of", "CONSIDERING", refs$note[i])
}

WriteBib(as.BibEntry(refs), "example2.bib")

Тем не менее, основываясь на описании вашей задачи, я согласен с @andrew_reece в том, что обрабатывать файлы bib как простой текст проще (с другой стороны, для больших файлов bib вам может потребоваться больший контроль над полями, которые вы заменяете).