Как визуализировать PDF документы из файла.Rmd с помощью MacOS X Automator?
Я пытаюсь автоматизировать процесс создания PDF-файлов из файлов R Markdown. Я могу запустить следующую команду из терминала, и она работает:
Rscript -e 'library(rmarkdown); rmarkdown::render("/path/to/file.Rmd", "pdf_document")'
но использование той же команды, что и сценарий оболочки в Automator, дало мне ошибку, что это Rscript была неизвестной командой. Я исправил это, указав, где он должен искать Rscript, а затем еще одну ошибку о требовании pandoc, указав, где находится pandoc, но это дает мне ошибку о требовании xelatex, который я установил, но я не могу понять, как сказать Automator где найти xelatex. Вот скрипт, который я пытаюсь запустить:
/usr/local/bin/Rscript -e 'library(rmarkdown);
Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc");
rmarkdown::render("/path/to/file.Rmd", "pdf_document")'
Вот сообщение об ошибке:
pandoc: xelatex not found. xelatex is needed for pdf output.
Error: pandoc document conversion failed with error 41
Execution halted
xelatex находится в /usr/local/texlive/2017/bin/x86_64-darwin
Я использую MacOS 10.13.3, R версии 3.4.3 и Automator версии 2.8. Любая помощь приветствуется!