Пример python scipy.odrpack.odr (с примером ввода / вывода)?

Question

Я довольный пользователь scipy.optimize.leastsq,

Теперь у меня есть - действительно всегда были - x,y данные с переменными барами ошибок, и похоже, что scipy.odrpack.odr - это то, что мне нужно использовать, чтобы учесть большую неопределенность в некоторых данных.

К сожалению, я не могу найти онлайн-учебник, который включает в себя пример кода с примерами ввода и вывода. (Я пытаюсь сделать это как можно проще.)

Я был бы признателен, если бы кто-нибудь мог опубликовать пример кода с примером ввода / вывода. Это было бы легко для тех, кто часто использует рутину.

Спасибо! Билл

Answer 1

Это конкретная версия примера в документации:

import numpy as np
import scipy.odr.odrpack as odrpack
np.random.seed(1)

N = 100
x = np.linspace(0,10,N)
y = 3*x - 1 + np.random.random(N)
sx = np.random.random(N)
sy = np.random.random(N)

def f(B, x):
    return B[0]*x + B[1]
linear = odrpack.Model(f)
# mydata = odrpack.Data(x, y, wd=1./np.power(sx,2), we=1./np.power(sy,2))
mydata = odrpack.RealData(x, y, sx=sx, sy=sy)

myodr = odrpack.ODR(mydata, linear, beta0=[1., 2.])
myoutput = myodr.run()
myoutput.pprint()
# Beta: [ 3.02012862 -0.63168734]
# Beta Std Error: [ 0.01188347  0.05616458]
# Beta Covariance: [[ 0.00067276 -0.00267082]
#  [-0.00267082  0.01502792]]
# Residual Variance: 0.209906660703
# Inverse Condition #: 0.105981202542
# Reason(s) for Halting:
#   Sum of squares convergence