Печать нескольких ggplots в один PDF, несколько графиков на странице

Question

У меня есть список, pгде каждый элемент p список объектов ggplot2

Я хотел бы вывести один PDF-файл, содержащий все графики в p такой, что участки в p[[1]] находятся на странице 1, участки в p[[2]] на странице 2 и т. д. Как я могу это сделать?

Вот некоторый пример кода, чтобы предоставить вам структуру данных, с которой я работаю - извинения за скучные графики, я выбрал переменные наугад.

require(ggplot2)
p <- list()

cuts <- unique(diamonds$cut)
for(i in 1:length(cuts)){
    p[[i]] <- list()
    dat <- subset(diamonds, cut==cuts[i])
    p[[i]][[1]] <- ggplot(dat, aes(price,table)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    p[[i]][[2]] <- ggplot(dat, aes(price,depth)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
}

Answer 1

Это решение не зависит от длины списков в списке p разные.

library(gridExtra)

pdf("plots.pdf", onefile = TRUE)
for (i in seq(length(p))) {
  do.call("grid.arrange", p[[i]])  
}
dev.off()

Потому что onefile = TRUE функция pdf сохраняет всю графику, появляющуюся последовательно в одном и том же файле (одна страница для одной графики).

Answer 2

Вот наиболее элегантное решение для экспорта списка объектов ggplot в один файл pdf с использованием ggplot2::ggsave() а также gridExtra::marrangeGrob().

library(ggplot2)
library(gridExtra)

Допустим, вы создали несколько графиков, используя lapply()

p <- lapply(names(mtcars), function(x) {
  ggplot(mtcars, aes_string(x)) + 
    geom_histogram()
})

Сохранить список p участки:

ggsave(
   filename = "plots.pdf", 
   plot = marrangeGrob(p, nrow=1, ncol=1), 
   width = 15, height = 9
)

Answer 3

Вот более простая версия решения Свена для начинающих R, которые иначе слепо использовали бы do.call и вложенные списки, которые им не нужны и не понятны. У меня есть эмпирические доказательства.:)

library(ggplot2)
library(gridExtra)

pdf("plots.pdf", onefile = TRUE)
cuts <- unique(diamonds$cut)
for(i in 1:length(cuts)){
    dat <- subset(diamonds, cut==cuts[i])
    top.plot <- ggplot(dat, aes(price,table)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    bottom.plot <- ggplot(dat, aes(price,depth)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    grid.arrange(top.plot, bottom.plot)
}
dev.off()

Answer 4

Я пробовал некоторые из этих решений, но безуспешно. Я немного больше исследовал и нашел решение, которое отлично сработало для меня. Он сохраняет всю мою графику в одном файле PDF, каждый график на одной странице.

library(ggplot2)


pdf("allplots.pdf",onefile = TRUE)
for(i in glist){
   tplot <- ggplot(df, aes(x = as.factor(class), y = value))
   print(tplot)
}
dev.off()

Answer 5

Вот одно из решений, но мне оно не особо нравится:

ggsave("test.pdf", do.call("marrangeGrob", c(unlist(p,recursive=FALSE),nrow=2,ncol=1)))

Проблема заключается в том, что в каждой группе одинаковое количество участков. Если all(sapply(p, length) == 2) были бы ложными, тогда это сломалось бы.

Answer 6

Решение, которое помогло мне ggpubr пакет (пакет на Github, код для установки: devtools::install_github("kassambara/ggpubr")).

Допустим, у вас есть 4 графика p1, p2, p3 и p4.

library(ggpubr)
multi.page <- ggarrange(p1,p2,p3,p4, nrow=1, ncol=1) # for one plot per page
multi.page[[1]] # for seeing the first plot
ggexport(multi.page, filename="my-plots.pdf")

Еще примеры ggpubrиспользуйте: http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/81-ggplot2-easy-way-to-mix-multiple-graphs-on-the-same-page/

Answer 7

Вот функция, основанная на подходе Свена, включая документацию roxygen2 и пример.

#' Save list of ggplot2 objects to single pdf
#'
#' @param list (list) List of ggplot2 objects.
#' @param filename (chr) What to call the pdf.
#'
#' @return Invisible NULL.
#' @export
#'
#' @examples
#' #plot histogram of each numeric variable in iris
#' list_iris = map(names(iris[-5]), ~ggplot(iris, aes_string(.)) + geom_histogram())
#' #save to a single pdf
#' GG_save_pdf(list_iris, "test.pdf")
GG_save_pdf = function(list, filename) {
  #start pdf
  pdf(filename)

  #loop
  for (p in list) {
    print(p)
  }

  #end pdf
  dev.off()

  invisible(NULL)
}

Answer 8

Хорошее решение без gridExtra пакет:

library(plyr)
library(ggplot2)

li = structure(p, class = c("gglist", "ggplot"))
print.gglist = function(x, ...) l_ply(x, print, ...)
ggsave(li, file = "test.pdf")