Как преобразовать точечный граф в граф JSON?

Question

Я хочу использовать sigma.js, чтобы показать график DOT. Но похоже, что sigma.js поддерживает только формат графов json.

Существуют ли какие-либо инструменты bash или модуль javascript, позволяющий преобразовать граф DOT в граф json?

Например из графика DOT:

graph {
 n1 [Label = "n1"];
 n2 [Label = "n2"];
 n3 [Label = "n3"];
 n1 -- n2;
 n1 -- n3;
 n2 -- n2;
}

Перейдите в граф JSON:

{
  "nodes": [
    {
      "id": "n0",
      "label": "A node",
      "x": 0,
      "y": 0,
      "size": 3
    },
    {
      "id": "n1",
      "label": "Another node",
      "x": 3,
      "y": 1,
      "size": 2
    },
    {
      "id": "n2",
      "label": "And a last one",
      "x": 1,
      "y": 3,
      "size": 1
    }
  ],
  "edges": [
    {
      "id": "e0",
      "source": "n0",
      "target": "n1"
    },
    {
      "id": "e1",
      "source": "n1",
      "target": "n2"
    },
    {
      "id": "e2",
      "source": "n2",
      "target": "n0"
    }
  ]
}

Answer 1

dot -Txdot_json -ogrpaph.json graph.dot

См. https://www.graphviz.org/doc/info/output.html.

Answer 2

Если вы можете использовать python и установить 2 пакета ( networkx и pygraphviz), вот короткий скрипт для преобразования точечного графа в граф json:

# dot_to_json_graph.py
# http://stackru.com/questions/40262441/how-to-transform-a-dot-graph-to-json-graph

# Packages needed  :
# sudo aptitude install python-networkx python-pygraphviz
#
# Syntax :
# python dot_to_json_graph.py graph.dot

import networkx as nx
from networkx.readwrite import json_graph

import sys

if len(sys.argv)==1:
  sys.stderr.write("Syntax : python %s dot_file\n" % sys.argv[0])
else:
  dot_graph = nx.read_dot(sys.argv[1])
  print json_graph.dumps(dot_graph)

Вот ваш пример, преобразованный в граф JSON:

{"directed": false, "graph": [["node", {"Label": ""}], ["graph", {"file": "test.dot"}], ["edge", {}], ["name", ""]], "node": [{"id": "n1", "Label": "n1"}, {"id": "n2", "Label": "n2"}, {"id": "n3", "Label": "n3"}], "links": [{"source": 0, "target": 1, "key": 0}, {"source": 0, "target": 2, "key": 0}, {"source": 1, "target": 1, "key": 0}], "multigraph": true}

Answer 3

Я не смог установить pygraphviz как в Windows, так и в Linux, и я недавно столкнулся с той же проблемой.NETworkx теперь поддерживает более простой дамп в json, включая форматы d3.js ( информация на этой странице)

Я пришел с двумя обходными путями:

1- Используйте PyDot

Вероятно, скоро устареет! PyDot не может использоваться так часто, потому что у нас есть интерфейс graphviz в python.

def dot_to_json(file_in):
    import networkx
    from networkx.readwrite import json_graph
    import pydot
    graph_netx = networkx.drawing.nx_pydot.read_dot(file_in)
    graph_json = json_graph.node_link_data( graph_netx )
    return json_graph.node_link_data(graph_netx)

2- Используйте Graphviz Source

Как показано в этой части документации по интерфейсу graphviz, вы можете создать график из исходного файла.dot.