Построение графической модели приводит к решетке

Question

Я подгоняю модель используя gam от mgcv пакет. Я сохраняю результат в model и до сих пор я смотрел на гладкие компоненты, используя plot(model), Я недавно начал использовать lattice и нравится его вывод. Поэтому мне интересно, возможно ли построить эти графики с помощью lattice?

Это мой набор данных: https://gist.github.com/plxsas/fcef4a228c18c772b4f3

m2<- gam(TotalInd ~ s(dayinyear, by=as.numeric(Site=="1"), bs="cr")
  +s(dayinyear, by=as.numeric(Site=="2"), bs="cr") + s(dayinyear, 
   by=as.numeric(Site=="3"), bs="cr"), random=list(Replicate=~ 1), data=data)

Как я могу сделать сюжет этой модели в lattice Пакет с тремя панелями, представляющими мои три сайта более гладкими, пожалуйста?

Вы также могли заметить, что я использовал dayinyear вместо правильного формата месяца (первый столбец в данных). Это связано с тем, что обобщенные аддитивные модели не обрабатывают категориальные переменные. Тем не менее, я хотел бы представить время в моем графике с названиями месяцев (как в первом столбце). Кто-нибудь знает, как двигаться вперед в этом lattice сюжет?

Answer 1

Вот общий способ сделать это, используя поддельные данные. Вам нужно настроить это, чтобы убедиться, что имена такие, как вам нравится,

library(reshape)
library(mgcv)
library(lattice)

X1<-rnorm(100)   # Make some fake data
X2<-rnorm(100)
X3<-rnorm(100)
Y<-rnorm(100)

Mod<-gam(Y~s(X1,bs="cr")+s(X2,bs="cr")+s(X3, bs="cr")) # make a model

Z<- predict(Mod,type="terms", se.fit=T)  #Z is the predicted value 
                               #for each smooth term, se.fit give you SE

Z2<-melt(Z$fit)                     #Z was in wide form, Z2 is long form
Z2$XX<-c(X1,X2,X3)            #add the original values for he predictors 
Z2$SE<-melt(Z$se.fit)$value  #add SE
Z2$UP<-Z2$value+2*Z2$SE      #+2 SE
Z2$Low<-Z2$value-2*Z2$SE     # - 2 SE
Z2<-Z2[order(Z2$XX),]

xyplot(value~XX|X2,data=Z2,type="l",col="black",as.table=T,
     prepanel=function (x,y,...)list(ylim=c(min(Z2$Low),max(Z2$UP))),
     panel=function(x,y,groups,subscripts,...){
       panel.xyplot(x,y,...)
       panel.lines(Z2$UP[subscripts]~Z2$XX[subscripts],lty=2, col="red")
       panel.lines(Z2$Low[subscripts]~Z2$XX[subscripts],lty=2, col="red")
     }
 ) 

value является прогнозируемым значением для каждого предиктора и X2где переменная группировки (указывает, какие данные принадлежат каждому предиктору). Если вы много работаете с нами, вы должны переименовать вещи, чтобы прояснить ситуацию. order часть просто избегает спагетти

Вы можете контролировать способ обозначения оси X, используя at а также labels аргументы для оси х в scales аргумент. Подробнее см. ?xyplot

Обновление - вот версия, которая работает с этими данными

m2<- gam(TotalInd ~ s(dayinyear, by=as.numeric(Site=="1"), bs="cr")
     +s(dayinyear, by=as.numeric(Site=="2"), bs="cr") 
     + s(dayinyear, by=as.numeric(Site=="3"), bs="cr"), 
     random=list(Replicate=~ 1), data=Data)


Z<- predict(m2,type="terms",se.fit=T) #Z is the predicted value and SE
Z2<-melt(Z$fit)                     #Z was in wide form, Z2 is long form

Z2$dayinyear<-Data$dayinyear        #add the original values for he predictors 
Z2$SE<-melt(Z$se.fit)$value
Z2$UP<-Z2$value+2*Z2$SE
Z2$Low<-Z2$value-2*Z2$SE

Z2<-Z2[Z2$value!=0,] #gets rid of excess zeroes

Z2<-Z2[order(Z2$dayinyear),]



xyplot(value~dayinyear|X2,data=Z2,type="l",col="black",as.table=T,
     prepanel=function (x,y,...)list(ylim=c(min(Z2$Low),max(Z2$UP))),
     panel=function(x,y,groups,subscripts,...){
       panel.xyplot(x,y,...)
       panel.lines(Z2$UP[subscripts]~Z2$dayinyear[subscripts],lty=2, col="red")
       panel.lines(Z2$Low[subscripts]~Z2$dayinyear[subscripts],lty=2, col="red")
     }
) 

Обратите внимание, что я изменил название стартового data.frame от data в Data

РЕДАКТИРОВАТЬ - я добавил две пунктирные линии, которые показывают + /- 2 SE для каждого графика