Невозможно создать графики в Rpres (HTML-формат представления RStudio)

Question

Я пытаюсь создать презентацию HTML5 с графиками ggplot2. Я использую формат Rpres Rstudio. Однако я не вижу сюжета в выходной презентации. Для приведенного ниже примера я получаю текстовое поле с таким сообщением:

<img src="PT terms for each age
Strata.Rnw-figure/unnamed-chunk-1-1.png" title="plot of chunk
unnamed-chunk-1" alt="plot of chunk unnamed-chunk-1" style="display:
block; margin: auto;" />

Для других кусков я не вижу сюжета вообще. Я вижу цифры, сгенерированные в подкаталоге, но они не включены в презентацию. Это может быть связано с тем, что я использую setwd изменить текущий каталог внутри одного из кусков.

Как мне убедиться, что графики добавлены в презентацию?

```{r, echo=FALSE,fig.width=8, fig.height=4, warning=FALSE, eval=TRUE, message=FALSE, tidy=TRUE, fig.align='center',fig=TRUE}
    PT.term.table.combo.df <- structure(list(term = structure(c(3L, 6L, 10L, 9L, 5L, 8L, 2L, 
    7L, 1L, 4L, 11L, 16L, 20L, 13L, 18L, 19L, 15L, 14L, 17L, 12L), .Label = c("Erythema", 
    "Injection site erythema", "Injection site pain", "Injection site swelling", 
    "Pain", "Pain in extremity", "Paraesthesia", "Pruritus", "Rash", 
    "Urticaria", "Dizziness", "Fatigue", "Headache", "Unknown", 
    "Loss of consciousness", "Nausea", "Pallor", "Pyrexia", "Syncope", 
    "Vomiting", "Blood pressure decreased", "Condition aggravated", 
    "Convulsion", "Fall", "Grand mal convulsion", "Head injury", 
    "Immediate post-injection reaction", "Condition8", 
    "Condition2", "Condition3", "Condition4", 
    "Condition1", "Menstruation delayed", "Menstruation irregular", 
    "Condition5", "Condition12", "Unevaluable event"
    ), class = "factor"), normalized.count = structure(c(0.758666519304954, 
    0.509556068608868, 0.498746392459638, 0.426484861272957, 0.41955098519173, 
    0.333070361160926, 0.306233446655841, 0.303395720748491, 0.281332387076534, 
    0.275858307359097, 2.05157281092953, 1.55514068644281, 0.761792303294041, 
    0.730331039886107, 0.553772087835693, 0.545722098808532, 0.426814370578148, 
    0.422207780194755, 0.401335815218956, 0.325021057176447), .Names = c("Injection site pain", 
    "Pain in extremity", "Urticaria", "Rash", "Pain", "Pruritus", 
    "Injection site erythema", "Paraesthesia", "Erythema", "Injection site swelling", 
    "Dizziness", "Nausea", "Vomiting", "Headache", "Pyrexia", "Syncope", 
    "Loss of consciousness", "Hyperhidrosis", "Pallor", "Fatigue"
    )), source = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("1", 
    "2", "3", "4"), class = "factor")), .Names = c("term", "normalized.count", 
    "source"), row.names = c("Injection site pain", "Pain in extremity", 
    "Urticaria", "Rash", "Pain", "Pruritus", "Injection site erythema", 
    "Paraesthesia", "Erythema", "Injection site swelling", "Dizziness", 
    "Nausea", "Vomiting", "Headache", "Pyrexia", "Syncope", "Loss of consciousness", 
    "Hyperhidrosis", "Pallor", "Fatigue"), class = "data.frame")





    library(ggplot2)
    library(gdata)
    #PT.term.table.combo.df <- combine(lapply( PT.term.tables$communities , FUN = function(x) {  data.frame (term = names(x), normalized.count = x)}),names = 1:4) 

    PT.term.table.combo.df <- do.call(what=combine,args=lapply( PT.term.tables$communities , FUN = function(x) {  data.frame (term = names(x), normalized.count = x)}))
    levels(PT.term.table.combo.df$source)<- 1:4

    #PT.term.table <- PT.term.tables$communities[[1]]
    #term.df <- data.frame (term=names(PT.term.table), normalized.count = PT.term.table)
    PT.plot<-ggplot(data=PT.term.table.combo.df, aes(x=term, y=normalized.count )) +
      geom_bar(stat='identity') +   coord_flip()+facet_wrap(~source)
    print(PT.plot)
```    

Answer 1

Хорошо, я смог исправить мою проблему, переименовав мой Rpres файл, чтобы в нем не было пробелов. Так что вместо "PT terms for each age Strata.Rnw.Rpres" Я выбрал"PT_terms_plots.Rpres" как имя файла. Если вы считаете, что это может быть ошибкой, оставьте комментарий, чтобы я мог связаться с разработчиками Rstudio.