Код выполняется в SLIME+SBCL, но не в простом SBCL
Я пытался создать простой интерфейс для привязок CFFI ( https://gitorious.org/dh-misc/hdf5/source/cb616fd619a387e3cdc927994b9ad12b6b514236:), но я столкнулся с ситуацией, когда код работает правильно в SLIME с SBCL экземпляр как бэкэнд, но не запускается всякий раз, когда я запускаю код только в SBCL.
Итак, я создал файл тестового примера, который демонстрирует ошибку:
(asdf:load-system :cffi)
;;(asdf:operate 'asdf:load-op :cffi)
(defpackage :hdf5test
(:use :cl :cffi)
(:export :test))
(in-package :hdf5test)
(define-foreign-library hdf5
(t (:default "libhdf5")))
(use-foreign-library hdf5)
;; hdf types:
(defctype size-t :uint)
(defctype hid-t :int)
(defctype herr-t :int)
(defctype hsize-t :uint64)
;; hdf constants:
;; H5S_UNLIMITED: 2^64-1
(defconstant +H5S-UNLIMITED+ 18446744073709551615)
;; H5F_ACC_TRUNC
(defconstant +H5F-ACC-TRUNC+ 2) ;; we'll see if it works
;; H5P_DEFAULT
(defconstant +H5P-DEFAULT+ 0)
;; H5T types:
(defconstant +H5P-DATASET-CREATE+ 150994953)
(defconstant +H5T-NATIVE-INT+ 50331660)
;; hdf functions:
;; H5Screate_simple
(defcfun "H5Screate_simple" hid-t
(rank :int)
(current-dims :pointer) ; const hsize_t*
(maximum-dims :pointer)) ; cons hsize_t*
;; H5Fcreate
(defcfun "H5Fcreate" hid-t
(filename :string)
(flags :uint)
(fcpl-id hid-t)
(fapl-id hid-t))
;; H5Pcreate
(defcfun "H5Pcreate" hid-t
(cls-id hid-t))
;; H5Pset_chunk
(defcfun "H5Pset_chunk" herr-t
(plist hid-t)
(ndims :int)
(dim :pointer)) ;; const hsize_t*
;; H5Pset_deflate
(defcfun "H5Pset_deflate" herr-t
(plist-id hid-t)
(level :uint))
;; H5Dcreate1
(defcfun "H5Dcreate1" hid-t
(loc-id hid-t)
(name :string)
(type-id hid-t)
(space-id hid-t)
(dcpl-id hid-t))
;; H5Dclose
(defcfun "H5Dclose" herr-t
(dataset-id hid-t))
;; H5Dwrite
(defcfun "H5Dwrite" herr-t
(datset-id hid-t)
(mem-type-id hid-t)
(mem-space-id hid-t)
(file-space-id hid-t)
(xfer-plist-id hid-t)
(buf :pointer))
;; H5Fclose
(defcfun "H5Fclose" herr-t
(file-id hid-t))
;; H5Sclose
(defcfun "H5Sclose" herr-t
(space-id hid-t))
(defparameter *rank* 1)
(defun test (filename)
(with-foreign-string (dataset-name "dataset")
(with-foreign-objects ((dim :int 1)
(dataspace-maxdim :uint64 1)
(memspace-maxdim :uint64 1)
(chunkdim :int 1)
(dataspace 'hid-t)
(dataset 'hid-t)
(memspace 'hid-t)
(cparms 'hid-t))
(setf (mem-aref dim :int 0) 5)
(format t "dim: ~a~%" (mem-aref dim :int 0))
;;(setf (mem-aref maxdim :int 0) -1)
(setf (mem-aref dataspace-maxdim :uint64 0) +H5S-UNLIMITED+)
(setf (mem-aref memspace-maxdim :uint64 0) 5)
(setf (mem-aref chunkdim :int 0) 1)
(format t "dataspace-maxdim: ~a~%" (mem-aref dataspace-maxdim :uint64 0))
(format t "memspace-maxdim: ~a~%" (mem-aref memspace-maxdim :uint64 0))
;;(with-open-hdf-file (file filename :direction :output :if-exists :supersede)
(let ((file (h5fcreate filename +H5F-ACC-TRUNC+ +H5P-DEFAULT+ +H5P-DEFAULT+)))
(setf cparms (h5pcreate +H5P-DATASET-CREATE+))
(h5pset-chunk cparms *rank* chunkdim)
(setf dataspace (h5screate-simple *rank* dim dataspace-maxdim))
(setf dataset (h5dcreate1
file
dataset-name
+H5T-NATIVE-INT+
dataspace
cparms))
(format t "dataspace: ~a~%" dataspace)
(format t "dataset: ~a~%" dataset)
(setf memspace (h5screate-simple *rank* dim memspace-maxdim))
(with-foreign-object (data :int 5)
(loop for i from 0 to 4 do (setf (mem-aref data :int i) (* i i)))
(h5dwrite dataset +H5T-NATIVE-INT+ memspace dataspace +H5P-DEFAULT+ data))
(h5dclose dataset)
(h5sclose memspace)
(h5sclose dataspace)
(h5fclose file)))))
Вывод, полученный при запуске (hdf5test:test "test.h5") в SLIME+SBCL:
dim: 5
dataspace-maxdim: 18446744073709551615
memspace-maxdim: 5
dataspace: 67108866
dataset: 83886080
0
Вывод, который я получаю при запуске (hdf5test:test "test.h5") только в SBCL:
dim: 5
dataspace-maxdim: 18446744073709551615
memspace-maxdim: 5
dataspace: 67108866
dataset: 83886080
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.10-patch1) thread 0:
#000: H5S.c line 1388 in H5Screate_simple(): maxdims is smaller than dims
major: Invalid arguments to routine
minor: Bad value
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.10-patch1) thread 0:
#000: H5Dio.c line 233 in H5Dwrite(): not a data space
major: Invalid arguments to routine
minor: Inappropriate type
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.10-patch1) thread 0:
#000: H5S.c line 405 in H5Sclose(): not a dataspace
major: Invalid arguments to routine
minor: Inappropriate type
0
Таким образом, вы можете видеть, что это как-то связано с тем, как массив передается в функции hdf, но я понятия не имею, почему SLIME+SBCL будет обрабатывать это, но не SBCL.
Я также попробовал точно такой же код с CLISP, и он работает нормально, без проблем, так что, похоже, проблема с SBCL.
Есть мысли по этому поводу?
РЕДАКТИРОВАТЬ: я думал, что я должен добавить к основному посту, что результирующие файлы действительно разные в каждом случае. В SLIME+SBCL или CLISP файл содержит конечный набор данных с целыми числами в квадрате (на самом деле без причины, только тест). Но с простым SBCL файл данных остается неполным; если вы попытаетесь просмотреть содержимое с помощью h5dump, это будет бесконечное испытание нулей (именно так оно обрабатывает неполные наборы данных).
1 ответ
Как сказал @nixeagle, slime скрывает сообщения об ошибках, возникающие в библиотеке hdf5. В связи с этим я бы поспорил, что передача результатов из SBCL в emacs в слизи - это то, что позволяет писать файл.
Теперь нужно принять несколько крупинок соли, так как я ничего не знаю о hdf5 или cffi и сейчас только возвращаюсь к общему lisp, но в slime и sbcl на моем linux x86_64 все стало работать согласованно коробка, как только я заменил все эти :int типы с :uint64, что, кажется, имеет смысл, так как объявления в любом случае разрешают этот тип.
ваш код в sbcl:
* (load "temp.lisp")
T
* (hdf5test:test "test2.h5")
dim: 5
dataspace-maxdim: 18446744073709551615
memspace-maxdim: 5
dataspace: 67108866
dataset: 83886080
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.12) thread 0:
#000: H5S.c line 1388 in H5Screate_simple(): maxdims is smaller than dims
major: Invalid arguments to routine
minor: Bad value
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.12) thread 0:
#000: H5Dio.c line 231 in H5Dwrite(): can't prepare for writing data
major: Dataset
minor: Write failed
#001: H5Dio.c line 332 in H5D__pre_write(): not a data space
major: Invalid arguments to routine
minor: Inappropriate type
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.12) thread 0:
#000: H5S.c line 405 in H5Sclose(): not a dataspace
major: Invalid arguments to routine
minor: Inappropriate type
0
расстаться с изменениями:
(with-foreign-objects ((dim :uint64 1)
(dataspace-maxdim :uint64 1)
(memspace-maxdim :uint64 1)
(chunkdim :uint64 1)
(dataspace 'hid-t)
(dataset 'hid-t)
(memspace 'hid-t)
(cparms 'hid-t))
(setf (mem-aref dim :uint64 0) 5)
(format t "dim: ~a~%" (mem-aref dim :uint64 0))
;;(setf (mem-aref maxdim :int 0) -1)
(setf (mem-aref dataspace-maxdim :uint64 0) +H5S-UNLIMITED+)
(setf (mem-aref memspace-maxdim :uint64 0) 5)
(setf (mem-aref chunkdim :uint64 0) 1)
(format t "dataspace-maxdim: ~a~%" (mem-aref dataspace-maxdim :uint64 0))
(format t "memspace-maxdim: ~a~%" (mem-aref memspace-maxdim :uint64 0))
изменил код в sbcl:
* (load "temp.lisp")
T
* (hdf5test:test "test2.h5")
dim: 5
dataspace-maxdim: 18446744073709551615
memspace-maxdim: 5
dataspace: 67108866
dataset: 83886080
0
файлы результатов:
% h5dump test.h5
HDF5 "test.h5" {
GROUP "/" {
DATASET "dataset" {
DATATYPE H5T_STD_I32LE
DATASPACE SIMPLE { ( 5 ) / ( H5S_UNLIMITED ) }
DATA {
(0): 0, 1, 4, 9, 16
}
}
}
}
% h5dump test2.h5
HDF5 "test2.h5" {
GROUP "/" {
DATASET "dataset" {
DATATYPE H5T_STD_I32LE
DATASPACE SIMPLE { ( 5 ) / ( H5S_UNLIMITED ) }
DATA {
(0): 0, 1, 4, 9, 16
}
}
}
}