Установите xlsx и rJava на MacOS Mavericks 10.9.5

Это настоящий кошмар для установки Rjava на моем Mac.

Моя настройка:

MacOS 10.9.5
Java: 7u71 (64 bits dowloaded from Oracle site)
R: R version 3.1.1 (2014-07-10)

Во-первых, в командной строке я запустил

sudo R CMD javareconf

Затем я побежал внутрь R:

install.packages('rJava')

Ошибка в конце компиляции такова:

JavaVM -F/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n
ld: library not found for -licuuc
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Users/costa/Library/R/3.1/library/rJava’

Я попробовал Java 8 и Java по умолчанию Mac, а также получил ту же ошибку.

Ideias?

Источник

6 ответов

Что я сделал (используя macports R) как root (sudo bash):

  • редактировать/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconfи изменить линию

    LIBS =  -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n

    в

    LIBS =  -llzma -lm -liconv

  • установить оригинал 1.6 Mac Java

  • экспортJAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home

  • бежать R CMD javareconf

Теперь вы можете начать R и сделать install.packages("rJava"), Используя версию 1.6 Java, удостоверился, что также RStudio может загрузить пакет rJava.

Если вы не планируете использовать RStudio, вы также можете использовать Java 1.8

Источник

На самом деле мне удалось полностью отредактировать свою среду, используя двоичный файл Mac для установки rJava на моем Macbook (под управлением OSX Yosemite и R версии 3.2.3). Сначала сделайте следующее в R для установки rJava:

install.packages("rJava", type = "mac.binary")

Предположительно независимо от этого, по какой-то причине я не смог установить xlsx, пока не установил xlsxjars зависимость. Сделайте следующее в R:

install.packages(c("xlsxjars", "xlsx"))

И с этими двумя командами, xlsx, кажется, отлично устанавливается на Mac!

Источник

Это сработало для меня:

sudo R CMD javareconf

Затем в интерпретаторе R:

install.packages('rJava', type='source')
install.packages('xlsx', type='source')
Источник

У меня была такая же ошибка на моем компьютере (Mac OS 10.9.5, Java 1.8.0_11, R 3.1.1). Установка новейшего Java JDK от Oracle (1.8.0_25) не решила проблему (пока). Однако после обновления Java установка R 3.1.2 решила проблему для меня. После запуска install.packages("rJava"), это работает:

> library("rJava")
> .jinit() # this starts the JVM
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")
> .jcall(s,"I","length")
[1] 12

Обратите внимание, что обновление JDK отличается от версии Java в панели управления Java GUI, доступной через системные настройки. Последний является только JRE для плагина интернет-браузера.

Источник

Я была такая же проблема. Я использую OS X Yosemite и изначально установил R через доморощенный

Я выполнил следующие шаги, чтобы исправить это:

  1. Закрыты все экземпляры R
  2. В моей терминальной оболочке побежал sudo R CMD javareconf

  3. Открыл R из моего терминала и запустил:

    install_packages("rJava")

    install_packages("xlsx")

Источник

Используя старую Java SE 6, я смог скомпилировать rJava, запустив javareconf следующим образом:

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home \
JAVA_CPPFLAGS=-I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/Current/Headers/ \
r CMD javareconf
Источник
Другие вопросы по тегам