R/ RStudio - установить devtools не удалось?

Я пытаюсь установить devtools в моем RStudio. Но я получаю тонны ошибок:

* installing *source* package ‘curl’ ...
** package ‘curl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Package libcurl was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `libcurl.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'libcurl' found
Package libcurl was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `libcurl.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'libcurl' found
Using PKG_CFLAGS=
Using PKG_LIBS=-lcurl
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libcurl_dev (Solaris)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘curl’
* removing ‘/home/lau/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/curl’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘curl’ had non-zero exit status
* installing *source* package ‘openssl’ ...
** package ‘openssl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Using PKG_CFLAGS=
Using PKG_LIBS=-lssl -lcrypto
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: openssl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libssl_dev (Solaris)
 * brew: openssl@1.1 (Mac OSX)
If openssl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a openssl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘openssl’
* removing ‘/home/lau/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/openssl’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
* installing *source* package ‘git2r’ ...
** package ‘git2r’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking for library containing inflate... -lz
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking pkg-config is at least version 0.9.0... yes
checking for libssl... no
configure: WARNING: "pkg-config failed to find libssl."
checking for library containing EVP_EncryptInit... no
configure: error: in `/tmp/RtmpWzaIce/R.INSTALL67fa335a4d20/git2r':
configure: error: 
  ---------------------------------------------
   The OpenSSL library that is required to
   build git2r was not found.

   Please install:
     libssl-dev    (package on e.g. Debian and Ubuntu)
     openssl-devel (package on e.g. Fedora, CentOS and RHEL)
     openssl       (Homebrew package on OS X)
   and try again.

   If the OpenSSL library is installed on
   your system but the git2r configuration
   is unable to find it, you can specify
   the include and lib path to OpenSSL with:
   R CMD INSTALL --configure-args='--with-libssl-include=INCLUDE_PATH --with-libssl-lib=LIB_PATH' git2r
  ---------------------------------------------
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘git2r’
* removing ‘/home/lau/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/git2r’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘git2r’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘curl’, ‘openssl’ are not available for package ‘httr’
* removing ‘/home/lau/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/httr’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘git2r’ are not available for package ‘devtools’
* removing ‘/home/lau/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/devtools’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘devtools’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpzxXdFr/downloaded_packages’

Поэтому я попытался установить libcurl:

> install.packages("libcurl")
Installing package into ‘/home/lau/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  package ‘libcurl’ is not available (for R version 3.4.0)
> install.packages("curl")

Я на Ubuntu 17.04. И р 3.4.

Есть идеи, как я могу это исправить?

Источник

3 ответа

Решение

Сообщения об ошибках могут быть немного запутанными, потому что RStudio просит вас установить библиотеки libcurl и openssl для вашей ОС Linux; для тех, кому вы действительно нужны пакеты Ubuntu вместо пакетов R.

Откройте терминал командной строки и введите

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev

После завершения установки пакетов Ubuntu попробуйте еще раз, и вы сможете установить пакет devtools R

Источник

Мы можем использовать

sudo apt-get install libssl-dev
Источник

Ваш вопрос содержит ответ:-

Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: openssl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libssl_dev (Solaris)
 * brew: openssl@1.1 (Mac OSX)
Источник

Сообщение об ошибке: Пакет libcurl не найден в пути поиска pkg-config. Возможно, вам следует добавить каталог, содержащий `libcurl.pc'

Выполнил эту команду:

rpm -qa | grep curl

Результат

python-pycurl-7.19.0-19.el7.x86_64  
curl-7.29.0-42.el7_4.1.x86_64  
libcurl-7.29.0-42.el7_4.1.x86_64  
-->libcurl-devel-7.29.0-42.el7_4.1.x86_64  <---this entry was missing

Выполнил эту команду

ням установить libcurl-devel

задача решена.

Источник

Ни один из приведенных выше ответов не помог мне в Ubuntu 18.04.3 LTS с использованием R версии 3.6.1

Я предполагаю, что это может иметь какое-то отношение к Anaconda3...

Что сработало для меня:

conda install -c r r-devtools

Затем в R

install.packages("rlang")
install.packages("devtools")

Я должен упомянуть, что conda как менеджер пакетов для R отлично работает, но вы должны придерживаться conda как можно больше, т.е. НЕ УСТАНАВЛИВАЙТЕ ПАКЕТЫ ВR, НО С CONDA (если нет рецепта для этого пакета), используя либо conda-forge, bioconda, а также defaultsканалы (каналы с открытым исходным кодом); будьте осторожны, чтобы не смешивать с собственными каналами (например, anaconda, r).

Если вам нужны пакеты, которых нет в используемом вами наборе каналов, вы должны установить их вручную во внешнее расположение за пределами среды conda. Например,.libPaths() показывает, что у меня есть две библиотеки:

  • /home/tsundoku/anaconda3/lib/R/library # где хранятся пакеты anaconda
  • /usr/lib/R/library # где я храню пакеты во внешнем хранилище

Для хорошего чтения по управлению .libPaths()см @MilesMcBain "сек записи блога здесь

Источник
Другие вопросы по тегам