Разархивируйте защищенный паролем архив и прочитайте содержащий его файл SPSS в R
У меня есть zip-архив, защищенный паролем, содержащий один системный файл данных SPSS (*.sav). И я хочу распаковать его и прочитать его содержимое в R. Из того, что я погуглил, Hmisc::getZip
кажется, лучшая ставка. И я попробовал несколько разных подходов.
Первой попыткой было просто запустить функцию, надеясь, что она выплюнет *.sav
файл в моем getwd()
место нахождения.
getZip(url = '/path/to/data.zip',
password = 'foo'
)
Но эта команда возвращает:
"unzip -p -P foo data.zip"
class
"pipe"
mode
"r"
text
"text"
opened
"closed"
can read
"yes"
can write
"yes"
И после прочтения файла справки, getZip()
Кажется, функция возвращает файл O/I pipe. Так что моя вторая попытка была использовать getZip()
внутри read.spss()
, Как это:
data <- read.spss(getZip(url = '/path/to/data.zip',
password = 'foo')
)
Но нет любви
Error in read.spss(getZip(url = '/path/to/data.zip', password = 'foo')) :
unable to open file: 'No such file or directory'
Когда я беру команду с первой попыткиunzip -p -P foo data.zip
"и запустить его (с добавлением"> data.sav
") из командной строки я получаю файл SPSS. Итак, что-то работает. Моя третья попытка была использовать соединение:
file_connection <- getZip(url = '/path/to/data.zip', password = 'foo')
open(file_connection, 'rb')
data <- readBin(file_connection, raw())
close(file_connection)
Я надеялся сохранить объект данных в *.sav
файл и читать его обратно в R с read.spss()
функция. Но объект данных не является файлом SPSS:
> data
[1] 24
Итак... Как мне успешно распаковать и прочитать *.sav
файл из защищенного паролем zip архива в R?
> sessionInfo()
R version 3.3.0 (2016-05-03)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.4 LTS
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=sv_SE.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=sv_SE.UTF-8 LC_NAME=sv_SE.UTF-8
[9] LC_ADDRESS=sv_SE.UTF-8 LC_TELEPHONE=sv_SE.UTF-8
[11] LC_MEASUREMENT=sv_SE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=sv_SE.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] gmailr_0.7.1 rj_2.0.5-1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.5 Formula_1.2-1 cluster_2.0.4
[4] magrittr_1.5 splines_3.3.0 munsell_0.4.3
[7] rj.gd_2.0.0-1 colorspace_1.2-6 lattice_0.20-33
[10] R6_2.1.2 httr_1.1.0 plyr_1.8.3
[13] tools_3.3.0 nnet_7.3-12 grid_3.3.0
[16] data.table_1.9.6 gtable_0.2.0 latticeExtra_0.6-28
[19] openssl_0.9.3 survival_2.39-4 Matrix_1.2-6
[22] gridExtra_2.2.1 RColorBrewer_1.1-2 ggplot2_2.1.0
[25] base64enc_0.1-3 acepack_1.3-3.3 rpart_4.1-10
[28] curl_0.9.7 scales_0.4.0 Hmisc_3.17-4
[31] jsonlite_0.9.20 chron_2.3-47 foreign_0.8-66
РЕДАКТИРОВАТЬ: ОК. Так что у меня есть (не очень элегантный) обходной путь. Я использую system()
позвонить с wait = TRUE
аргумент для распаковки файла. Как это:
system(command = paste0('unzip -P foo ', data.zip),
wait = TRUE
)
Тогда я могу прочитать *.sav
файл в R. Но я все еще не понимаю, как использовать Hmisc::getZip()