Изменить цветовую палитру по умолчанию в ggplot

Question

Я написал функцию, которая возвращает вектор имен цветов:

custom.colors <- function(n) {
  palette <- c("dodgerblue1", "skyblue4", "chocolate1", "seagreen4",
               "bisque3", "red4", "purple4", "mediumpurple3",
               "maroon", "dodgerblue4", "skyblue2", "darkcyan",
               "darkslategray3", "lightgreen", "bisque",
               "palevioletred1", "black", "gray79", "lightsalmon4",
               "darkgoldenrod1")
  if (n > length(palette))
    warning('palette has duplicated colours')
  rep(palette, length.out=n)
}

Я хотел бы, чтобы ggplot использовал вышеуказанную функцию для генерации палитры по умолчанию. Может быть, только для дискретных весов. С помощью scale_manual() каждый раз это слишком сложно. Является ли это возможным?

Answer 1

@baptiste указал мне на сообщение на доске объявлений, в котором упоминается функция set_default_scale который может быть использован для установки палитры по умолчанию. Следующее решение работает только со старыми версиями ggplot2.

Сначала нам нужна функция, которая производит имена цветов или коды. Я назвал мой magazine.colours:

magazine.colours <- function(n, set=NULL) {
  set <- match.arg(set, c('1', '2'))
  palette <- c("red4", "darkslategray3", "dodgerblue1", "darkcyan",
               "gray79", "black", "skyblue2", "dodgerblue4",
               "purple4", "maroon", "chocolate1", "bisque3", "bisque",
               "seagreen4", "lightgreen", "skyblue4", "mediumpurple3",
               "palevioletred1", "lightsalmon4", "darkgoldenrod1")
  if (set == 2)
    palette <- rev(palette)
  if (n > length(palette))
    warning('generated palette has duplicated colours')
  rep(palette, length.out=n)
}

(Он принимает необязательный set аргумент только для того, чтобы показать, что вы не ограничены одной палитрой.) Хорошо, теперь мы создаем "масштаб", который я назвал magazine, Это основано на масштабе пивовара ggplot, и код довольно уродлив:

ScaleMagazine <- proto(ScaleColour, expr={
  objname <- 'magazine'
  new <- function(., name=NULL, set=NULL, na.colour='yellowgreen',
                  limits=NULL, breaks = NULL, labels=NULL,
                  formatter = identity, variable, legend = TRUE) {
    b_and_l <- check_breaks_and_labels(breaks, labels)
    .$proto(name=name, set=set, .input=variable, .output=variable,
            .labels = b_and_l$labels, breaks = b_and_l$breaks,
            limits= limits, formatter = formatter, legend = legend,
            na.colour = na.colour)
  }
  output_set <- function(.) {
    missing <- is.na(.$input_set())
    n <- sum(!missing)
    palette <- magazine.colours(n, .$set)
    missing_colour(palette, missing, .$na.colour)
  }
  max_levels <- function(.) Inf
})
scale_colour_magazine <- ScaleMagazine$build_accessor(list(variable = '"colour"'))
scale_fill_magazine <- ScaleMagazine$build_accessor(list(variable = '"fill"'))

Здесь важно определить output_set это функция, которую вызывает ggplot, чтобы получить названия / коды цветов. Кроме того, если вам нужны дополнительные аргументы, они должны быть включены в new и позже можно получить доступ как .$argument_name, В приведенном выше примере output_set просто звонит magazine.colours,

Теперь проверьте, действительно ли новый масштаб работает:

qplot(mpg, wt, data=mtcars, shape=21,
      colour=factor(carb), fill=factor(carb)) +
  scale_colour_magazine(set='1') +
  scale_fill_magazine(set='1')

Чтобы сделать его по умолчанию, просто используйте set_default_scale,

set_default_scale("colour", "discrete", "magazine") 
set_default_scale("fill", "discrete", "magazine") 

И это будет так.

> qplot(mpg, wt, data=mtcars, colour=factor(carb), fill=factor(carb))

Answer 2

17 дней назад (2020-05-19) работа Карсона Сиверта была объединена с разрабатываемой версией ggplot2, которая позволяет указывать дискретную цветовую палитру по умолчанию с опцией (ggplot2.discrete.fill & ggplot2.discrete.color):

options(ggplot2.discrete.color = c("red", "#af01ef"))

Это также позволяет указать несколько поддонов разного размера (с использованием минимально достаточной палитры):

options(ggplot2.discrete.color = list(c("red", "#af01ef"), custom.colors(99)))

К сожалению, он не использует функцию палитры (например, ваш custom.colors), но для этого требуется функция масштабирования (чтобы вы могли создать ее, как указано в ответе @ernestA, чтобы выдать желаемое предупреждение).

Из НОВОСТЕЙ:

Дискретные цветовые шкалы по умолчанию теперь настраиваются через options() из ggplot2.discrete.colour а также ggplot2.discrete.fill. Если задан вектор символов цветовых кодов (или список векторов символов) с достаточной длиной, эти цвета используются для масштаба по умолчанию. Видетьhelp(scale_colour_discrete) для получения дополнительных сведений и примеров (@cpsievert, #3833).

Answer 3

Чтобы переопределить цветовую шкалу по умолчанию, вы также можете просто переопределить ggplot функция:

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral")

То же самое работает для шкалы заполнения.

Answer 4

Просто назначьте переменную с именем желаемой шкалы:

scale_colour_discrete <- function(...)
  scale_colour_manual(..., values = c('dodgerblue1', *))

Это работает, так как ggplot по возможности возьмет шкалы по умолчанию из глобальной среды, аналогично:

get('scale_colour_discrete', envir = globalenv())