GATK GnarlyГенотип предел аллелей
Я совместно с GATK GEnomicsDBImpot вызываю 167 образцов. Но я получил такую ошибку:
Образец/набор вызовов 45(идентификатор строки TileDB 107) в позиции Chr1 хромосомы 1320197 (столбец TileDB 247913574) имеет слишком много генотипов в объединенной записи VCF: 1081: текущий предел: 1024 (num_alleles,ploidy) = (46, 2). Поля, такие как PL, длина которых равна количеству генотипов, НЕ будут добавлены для этой выборки для этого местоположения.
Следуя советам, которые я нашел по ссылке ниже, я решил использовать GnarlyGenotyper для вызова вариантов, поскольку он, похоже, управляет большим количеством аллелей.https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/community/posts/360072168712-GenomicsDBImport-Attempting-to-genotype-more-than-50-alleles?page=1#community_comment_360012343671
Был запущен следующий скрипт с правильной опцией для принятия большего количества аллелей:
~/gatk-4.2.0.0/gatk GnarlyGenotyper \
-R "$reference" \
-V gendb://GenomicsDBImport_GATK \
--max-alternate-alleles 100 \
-O GenotypeGVCFs_gnarly.vcf
К сожалению, я также получил следующую ошибку:
Хромосома Chr1, позиция 198912 (столбец TileDB 246792289) имеет слишком много аллелей в комбинированной записи VCF: 7: текущий предел: 6. Поля, такие как PL, длина которых равна количеству генотипов, НЕ будут добавлены для этого местоположения.
Кто-нибудь уже использовал это средство? Можно ли ввести больше аллелей?