R и коэффициент кодирования в формуле

Question

Как использовать интерфейс формул, если я хочу использовать фиктивные макеты, например, если мне нужны значения 1 и два, а не 0 и 1. Оценка может выглядеть следующим образом: supp является переменной фактора.

fit <- lm(len ~ dose + supp, data = ToothGrowth)

В этом примере разные значения используются мало, но во многих случаях "переписанной" модели это может быть полезно.

РЕДАКТИРОВАТЬ: На самом деле, у меня есть, например, 3 уровня, и хочу, чтобы два столбца были закодированы по-разному, поэтому один является переменной 1/0, а другой является переменной 1/2. Приведенный выше пример имеет только два уровня.

Answer 1

Вы можете установить контрасты как хотите, создав матрицу, которую хотите использовать, и установив ее на contrasts аргумент lm или установив контраст по умолчанию самого фактора.

Некоторые примеры данных:

set.seed(6)
d <- data.frame(g=gl(3,5,labels=letters[1:3]), x=round(rnorm(15,50,20)))

Контрасты, которые вы имеете в виду:

mycontrasts <- matrix(c(0,0,1,0,1,1), byrow=TRUE, nrow=3)
colnames(mycontrasts) <- c("12","23")
mycontrasts
#     12 23
#[1,]  0  0
#[2,]  1  0
#[3,]  1  1

Затем вы используете это в lm вызов:

> lm(x ~ g, data=d, contrasts=list(g=mycontrasts))

Call:
lm(formula = x ~ g, data = d, contrasts = list(g = mycontrasts))

Coefficients:
(Intercept)          g12          g23  
       58.8        -13.6          5.8  

Мы можем проверить, что он делает правильные вещи, сравнивая средства:

> diff(tapply(d$x, d$g, mean))
    b     c 
-13.6   5.8 

Контраст по умолчанию - использовать первый уровень в качестве базовой линии:

> lm(x ~ g, data=d)

Call:
lm(formula = x ~ g, data = d)

Coefficients:
(Intercept)           gb           gc  
       58.8        -13.6         -7.8  

Но это можно изменить с contrasts команда:

> contrasts(d$g) <- mycontrasts
> lm(x ~ g, data=d)

Call:
lm(formula = x ~ g, data = d)

Coefficients:
(Intercept)          g12          g23  
       58.8        -13.6          5.8