make-файл с mex-проектом: `.rodata'нельзя использовать при создании общего объекта

Question

make-файл с mex-проектом: `.rodata'нельзя использовать при создании общего объекта

У меня есть c-код, который я могу скомпилировать с помощью makefile и запустить. Теперь я хочу преобразовать его в mex-файл, который я хотел бы скомпилировать, используя соответствующий make-файл. Тем не менее, мой make-файл для mex-кода не работает. Я был бы признателен, если бы кто-то мог направить меня.

Я работаю на 64-битной системе.

Структура как С-кодов, так и мекс-кодов:

C-codes                                Mex Code
Test_tsnnls.c <--Main defined         Test_tsnnls_MEX.c <--mex defined here
Include_4_TSNNLS.h                    Include_4_TSNNLS.h
Include_4_TSNNLS.c                    Include_4_TSNNLS.c

Makefile (C-проект) работает:

CXX       = gcc
FLAGS     = 
CFLAGS    = "-m64"   ## "-m32"
INCLUDE_TSNNLS  = -I/home/dkumar/libtsnnls-2.3.3 -I/home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls  -I/home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/taucs_basic

#################### ALL TSNNLS lib related ##########################
## this is where all object file (*.o) generated by tsnnls library makefile are located.
tsnnl_PATH = /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/

# Here is a Make Macro that uses the backslash to extend to multiple lines.
OBJS_tsnnls0 =  libtsnnls_la-taucs_malloc.o libtsnnls_la-taucs_ccs_order.o \
    libtsnnls_la-taucs_ccs_ops.o libtsnnls_la-taucs_vec_base.o \
    libtsnnls_la-taucs_complex.o libtsnnls_la-colamd.o \
    libtsnnls_la-amdbar.o libtsnnls_la-amdexa.o \
    libtsnnls_la-amdtru.o libtsnnls_la-genmmd.o \
    libtsnnls_la-taucs_timer.o libtsnnls_la-taucs_sn_llt.o \
    libtsnnls_la-taucs_ccs_base.o libtsnnls_la-tlsqr.o \
    libtsnnls_la-tsnnls.o libtsnnls_la-lsqr.o

 ## adding "$(OBJS_PATH)" to each word in "$(OBJS)"
# which in our case is basically to add the same folder in front of all "*.o" object files.
OBJS_tsnnls = $(addprefix $(tsnnl_PATH), $(OBJS_tsnnls0)) 

# Libraries for tsnnls
STLIB_tsnnls    = /usr/local/lib/taucs_full/lib/linux/libtaucs.a 
LIBS_tsnnls     = -largtable2 -llapack -lblas -lquadmath -lm

########################################################################
TARGET_WO_EXTN =   Test_tsnnls
TARGET         =   $(TARGET_WO_EXTN)
LIBS           =   $(LIBS_tsnnls)   $(STLIB_tsnnls)
INCLUDE        =   $(INCLUDE_TSNNLS)
REBUILDABLES   =   *.o          $(TARGET) 

all : $(TARGET)
    echo All done

clean : 
    rm -f $(REBUILDABLES)   
    echo Clean done

Include_4_TSNNLS.o: Include_4_TSNNLS.c
    $(CXX) -c -o Include_4_TSNNLS.o Include_4_TSNNLS.c

$(TARGET_WO_EXTN).o: $(TARGET_WO_EXTN).c
    $(CXX) -c -o $(TARGET_WO_EXTN).o  $(TARGET_WO_EXTN).c

# Final linking
$(TARGET) : $(OBJS_tsnnls)   $(TARGET_WO_EXTN).o   Include_4_TSNNLS.o $(LIBS)
    $(CXX) -g -o $@ $(INCLUDE) $(CFLAGS) $^

Makefile (mex project) НЕ РАБОТАЕТ:

MEXSUFFIX  = mexa64
MATLABHOME = /usr/local/MATLAB/R2014b
MEX        = mex
CXX        = gcc
CFLAGS     = -fPIC -pthread -DMX_COMPAT_32 \
               -DMATLAB_MEX_FILE

INCLUDE_Matlab  = -I$(MATLABHOME)/extern/include
MEXFLAGS    = -cxx CC='$(CXX)' CXX='$(CXX)' LD='$(CXX)'

INCLUDE_TSNNLS  = -I/home/dkumar/libtsnnls-2.3.3 -I/home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls  -I/home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/taucs_basic

#################### ALL TSNNLS lib related ##########################
## this is where all object file (*.o) generated by tsnnls library makefile are located.
tsnnl_PATH = /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/

# Here is a Make Macro that uses the backslash to extend to multiple lines.
OBJS_tsnnls0 =  libtsnnls_la-taucs_malloc.o libtsnnls_la-taucs_ccs_order.o \
    libtsnnls_la-taucs_ccs_ops.o libtsnnls_la-taucs_vec_base.o \
    libtsnnls_la-taucs_complex.o libtsnnls_la-colamd.o \
    libtsnnls_la-amdbar.o libtsnnls_la-amdexa.o \
    libtsnnls_la-amdtru.o libtsnnls_la-genmmd.o \
    libtsnnls_la-taucs_timer.o libtsnnls_la-taucs_sn_llt.o \
    libtsnnls_la-taucs_ccs_base.o libtsnnls_la-tlsqr.o \
    libtsnnls_la-tsnnls.o libtsnnls_la-lsqr.o

 ## adding "$(OBJS_PATH)" to each word in "$(OBJS)"
# which in our case is basically to add the same folder in front of all "*.o" object files.
OBJS_tsnnls = $(addprefix $(tsnnl_PATH), $(OBJS_tsnnls0)) 

# Libraries for tsnnls
STLIB_tsnnls    = /usr/local/lib/taucs_full/lib/linux/libtaucs.a 
LIBS_tsnnls     = -largtable2 -llapack -lblas -lquadmath -lm

########################################################################
TARGET_WO_EXTN =  Test_tsnnls_Mex
TARGET         = $(TARGET_WO_EXTN).$(MEXSUFFIX)
LIBS           = $(LIBS_tsnnls)     $(STLIB_tsnnls)
INCLUDE        = $(INCLUDE_Matlab)  $(INCLUDE_TSNNLS)
REBUILDABLES   = *.o            $(TARGET)  

all : $(TARGET)
    echo All done

clean : 
    rm -f $(REBUILDABLES)   
    echo Clean done

Include_4_TSNNLS.o:  Include_4_TSNNLS.c
    $(CXX) $(CFLAGS) $(INCLUDE) -c $^
##  $(CXX) -c -o Include_4_TSNNLS.o Include_4_TSNNLS.c

$(TARGET_WO_EXTN).o: $(TARGET_WO_EXTN).c
    $(CXX) $(CFLAGS) $(INCLUDE) -c $^

# Final linking
$(TARGET): $(OBJS_tsnnls)   $(TARGET_WO_EXTN).o   Include_4_TSNNLS.o $(LIBS)
    $(MEX) $(MEXFLAGS) $(LIBS) -output $(TARGET_WO_EXTN) $^

Ошибки, которые я получаю

dkumar@dkumar-Precision-WorkStation-T7500 ~/Mex_Codes_DKU/Using_tsnnls_DKU_copy_MEX/Pure_Mex $ make
cc -fPIC -pthread -DMX_COMPAT_32 -DMATLAB_MEX_FILE   -c -o Test_tsnnls_Mex.o Test_tsnnls_Mex.c
gcc -c -o Include_4_TSNNLS.o Include_4_TSNNLS.c
In file included from Include_4_TSNNLS.c:1:0:
Include_4_TSNNLS.h:72:15: warning: useless storage class specifier in empty declaration [enabled by default]
   extern enum STYPE;
               ^
mex -cxx CC='gcc' CXX='gcc' LD='gcc' -largtable2 -llapack -lblas -lquadmath -lm     /usr/local/lib/taucs_full/lib/linux/libtaucs.a  -output Test_tsnnls_Mex /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-taucs_malloc.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-taucs_ccs_order.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-taucs_ccs_ops.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-taucs_vec_base.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-taucs_complex.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-colamd.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-amdbar.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-amdexa.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-amdtru.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-genmmd.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-taucs_timer.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-taucs_sn_llt.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-taucs_ccs_base.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-tlsqr.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-tsnnls.o /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-lsqr.o Test_tsnnls_Mex.o Include_4_TSNNLS.o /usr/local/lib/libargtable2.so /usr/lib/liblapack.so /usr/lib/libblas.so /usr/lib/libquadmath.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libm.so /usr/local/lib/taucs_full/lib/linux/libtaucs.a
Building with 'g++'.
Warning: You are using gcc version '4.8.2'. The version of gcc is not supported. The version currently supported with MEX is '4.7.x'. For a list of currently supported compilers see: http://www.mathworks.com/support/compilers/current_release.
Warning: You are using gcc version '4.8.2-19ubuntu1)'. The version of gcc is not supported. The version currently supported with MEX is '4.7.x'. For a list of currently supported compilers see: http://www.mathworks.com/support/compilers/current_release.
/usr/bin/ld: /home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-taucs_ccs_order.o: relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/home/dkumar/libtsnnls-2.3.3/tsnnls/libtsnnls_la-taucs_ccs_order.o: error adding symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status

make: *** [Test_tsnnls_Mex.mexa64] Error 255

Я думаю, что я уже компилирую с -fPIC. Я понимаю, что $(OBJS_tsnnls) может быть неправильно включен в мой mex проект.

ИЛИ проблема может быть с 32-битной платформой против 64-битной платформы Stackoveflow-link. Я понятия не имею, как это исправить.

Любая помощь будет очень ценится.

0

c matlab makefile mex

Источник

user1138921 18 фев '15 в 12:09

1 ответ

Другие вопросы по тегам c matlab makefile mex

user2778484 18 фев '15 в 17:00 2015-02-18 17:00 · Answer 1 · 2015-02-18 17:00

Посмотрите еще раз на сообщения об ошибках - часть с призывом к mex:

mex -cxx CC='gcc' CXX='gcc' LD='gcc' -largtable2 -llapack -lblas -lquadmath -lm

Пока вы изменили CFLAGS Переменная Makefile для включения -fPICВы не гарантировали, что это было передано mex (самая нижняя команда в вашем Makefile). Вы можете изменить MEXFLAGS, Это должно охватывать все основания:

MEXFLAGS = -v -cxx CC='$(CXX)' CXX='$(CXX)' CFLAGS='$(CFLAGS)' CXXFLAGS='$(CFLAGS)' LD='$(CXX)'

Вам не нужны оба CC а также CXX (наверное просто CXX так как он компилируется как C++). Кроме того, добавьте -v флаг, чтобы увидеть, что команда G ++ была неудачной.

Интересно использовать mex просто связать объектные файлы, а не делать компиляцию. Если я понимаю цель здесь, это связать объектные файлы, скомпилированные как C, и подход заключался в mex скомпилировать как C++, но установив CXX=gcc, заставляя его использовать внешний интерфейс C. Должен работать, я думаю, но это выглядит довольно искаженным.