Столбцы списков в столбцах: можно ли связать столбец списка с другим столбцом списка?
Это мой первый пост, поэтому, пожалуйста, извините, если я звучу глупо или ответ, который я ищу, уже существует.
Моя главная проблема заключается в следующем: я создал таблицу, содержащую 4 столбца (столбец символов, два столбца данных и столбец, содержащий матрицу расстояний для каждого из уровней столбца символов), и я пытаюсь создать функцию, которая использует матрицы расстояний из 4-го столбца в качестве зависимой переменной и некоторые независимые переменные из второго столбца. Проблема в том, что R постоянно предупреждает меня, что не может найти зависимую переменную.
Пакеты, которые я использовал, следующие:
library(easypackages)
libraries('tidyverse', 'broom')
Тиббл, содержащий мои капельницы, выглядит так:
IVs_tibble
# A tibble: 175 × 8
Site Region IV.1 IV.2 IV.3 IV.4 IV.5 IV.6
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 Site.1 A 387 169 460 234 137 445
2 Site.2 A 197 172 449 192 141 422
3 Site.3 A 86 179 432 78 147 398
4 Site.4 A 14 183 404 4 152 375
5 Site.5 B 86 179 407 80 148 382
6 Site.6 B 18 175 422 154 146 397
7 Site.7 C 132 172 429 211 142 413
8 Site.8 C 99 178 404 120 147 385
9 Site.9 D 73 177 409 150 146 382
10 Site.10 D 77 175 417 182 145 383
# ... with 165 more rows
Я тогда вкладываю это:
by_region <- IVs_tibble %>% group_by(Region) %>% nest()
А вот как это выглядит:
by_region
# A tibble: 6 × 2
Region data
<chr> <list>
1 A <tibble [60]>
2 B <tibble [84]>
3 C <tibble [10]>
4 D <tibble [6]>
5 E <tibble [13]>
6 F <tibble [2]>
Впоследствии я создаю еще один тиббл, содержащий необработанные данные о наличии / отсутствии:
regions
# A tibble: 175 × 984
Region Site Taxon.1 Taxon.2 Taxon.3
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl>
1 A Site.1 1 1 0
2 A Site.1 0 1 0
3 B Site.1 1 1 1
4 B Site.1 0 0 0
5 C Site.1 1 0 1
6 C Site.1 0 0 1
7 D Site.1 1 0 0
8 D Site.1 1 1 0
9 D Site.1 0 0 0
10 F Site.10 0 1 0
# ... with 165 more rows, and 982 more variables: (these contain taxa names)
Тогда я тоже вкладываю этот кусок:
rg <- regions %>% group_by(Region) %>% nest()
И это выглядит так:
rg
# A tibble: 6 × 2
Region IVs
<chr> <list>
1 A <tibble [60]>
2 B <tibble [84]>
3 C <tibble [10]>
4 D <tibble [6]>
5 E <tibble [13]>
6 F <tibble [2]>
И я переименую столбец данных, чтобы соединить его с таблицей, содержащей IV:
rr <- rg %>% rename(Communities = data)
rr
# A tibble: 6 × 2
Region Communities
<chr> <list>
1 A <tibble [60]>
2 B <tibble [84]>
3 C <tibble [10]>
4 D <tibble [6]>
5 E <tibble [13]>
6 F <tibble [2]>
В качестве следующего шага я создаю функцию для вычисления матриц:
betamatrices <-function(df){vegan::betadiver(df, method='sim')}
rr <- rr %>% mutate(model = map(data,betamatrices))
Rr tibble теперь выглядит так:
rr
# A tibble: 6 × 3
Region Communities Dist.matrix
<chr> <list> <list>
1 A <tibble [60]> <S3: dist>
2 B <tibble [84]> <S3: dist>
3 C <tibble [10]> <S3: dist>
4 D <tibble [6]> <S3: dist>
5 E <tibble [13]> <S3: dist>
6 F <tibble [2]> <S3: dist>
А потом я присоединяюсь к двум тиблям:
my_tibble <- by_region %>% left_join(rr)
Тиббл выглядит так:
my_tibble
# A tibble: 6 × 4
Region IVs Communities Dist.matrix
<chr> <list> <list> <list>
1 A <tibble [60]> <tibble [60]> <S3: dist>
2 B <tibble [84]> <tibble [84]> <S3: dist>
3 C <tibble [10]> <tibble [10]> <S3: dist>
4 D <tibble [6]> <tibble [6]> <S3: dist>
5 E <tibble [13]> <tibble [13]> <S3: dist>
6 F <tibble [2]> <tibble [2]> <S3: dist>
И функция, которую я хочу применить, выглядит следующим образом:
mrm_model <- function(df){ecodist::MRM(Dist.matrix~dist(IV.1) + dist(IV.2),data = (df))}
Когда я пытаюсь вычислить его с помощью следующего кода:
my_tibble <- my_tibble %>% mutate(mrm = map(IVs,mrm_model)),
Я получаю это сообщение об ошибке:
Error in mutate_impl(.data, dots) : object 'Dist.matrix' not found,
У вас есть идеи, почему это продолжает появляться?
Когда я пытаюсь "исправить" функцию с помощью знака $:
mrm_model <- function(df){ecodist::MRM(my_tibble$Dist.matrix~dist(Area),data = (df))},
Я получаю следующее предупреждение:
Error in mutate_impl(.data, dots) :
invalid type (list) for variable 'my_tibble$Dist.matrix',
Я абсолютный новичок в этом типе манипулирования данными, поэтому, очевидно, я над головой и буду очень признателен за любую помощь, которую я могу получить.
1 ответ
Я выяснил, что проблема может быть решена, если тиббл содержит ОБА данные о наличии / отсутствии и IV. В любом случае, спасибо за интерес lukeA