Python NetworkX - получить DiGraph из вложенных словарей

Question

Я пытаюсь создать простой DiGraph в Python NetworkX из вложенного словаря, но похоже, что встроенная инициализация не создает конечные конечные узлы.

Пример игрушки:

class_hierarchy= {-1: ["A", "B"], 
"A":{"A1":[1], "A2":[3,4]}, 
"B": {"B1":[5,6], "B2": [7,8]}}

Построение графика:

G = DiGraph(class_hierarchy)

Теперь посмотрим, что в нем есть:

G.nodes
Out[86]: NodeView((-1, 'A', 'B', 'A1', 'A2', 'B1', 'B2'))

Похоже, что конечные узлы не добавляются

Проверяем это:

list(G.successors('A'))
Out[88]: ['A1', 'A2']

Выглядит разумно

Но:

list(G.successors('A1'))
Out[89]: []

Я не уверен, почему это так? Документация для NetworkX указывает, что:

входящие_график_данные (входной граф (необязательно, по умолчанию: нет)) - данные для инициализации графа. Если Нет (по умолчанию), создается пустой график. Данные могут быть любого формата, который поддерживается функцией to_networkx_graph(), в настоящее время включает в себя список фронтов, диктов диктов, диктов списков и т. Д.

Есть идеи, что я делаю не так?

Answer 1

У вас есть смешанный вход, который является одновременно dict of lists и оба dict of dicts,Networkx будет интерпретировать это как dict of lists,
Смотрите следующий код, где data является class_hierarchy в твоем случае.

if isinstance(data, dict):
        try:
            #this will raise an exception
            return from_dict_of_dicts(data, create_using=create_using,
                                  multigraph_input=multigraph_input)
        except:
            try:
                # this is what is called in your case
                return from_dict_of_lists(data, create_using=create_using)
            except:
                raise TypeError("Input is not known type.")

В твоем случае, networkx ожидает словарь списков представления смежности.
Например, ожидаемый ввод имеет вид: key: value -> node u: list of nodes [v1,v2,...,vn] u is connected with (например, {0: [1,2], 1: [3,4]}.

То, что networkx делает с вашим вводом, вы даете следующим образом:

G=nx.DiGraph()

edges_list = [((node, nbr)) for node, nbrlist in d.items() for nbr in nbrlist]
# [(-1, 'A'), (-1, 'B'), ('A', 'A1'), ('A', 'A2'), ('B', 'B1'), ('B', 'B2')]

G.add_edges_from(edges_list)

Таким образом, вы должны изменить свой формат в соответствии со значением, которое вы ему даете.