Ошибка запуска gatk HaplotypeCaller с аннотациями, специфичными для аллелей.

Question

У меня HaplotypeCaller прекрасно работает в стандартном режиме, например:

      # Run haplotypcaller
gatk --java-options "-Xmx4g" HaplotypeCaller \
      --intervals "$INTERVALS" \
      -R "$REF" \
      -I "$OUT"/results/alignment/${SN}_sorted_marked_recalibrated.bam \
      -O "$OUT"/results/variants/${SN}_g.vcf.gz \
      -ERC GVCF

Но когда я пытаюсь использовать аллель-специфический режим, я получаю следующую ошибку. Все, что я сделал, это добавил аннотации -G в конце, как это предлагается здесь .

      # Haplytype caller with allele-specific annotations
gatk --java-options "-Xmx4g" HaplotypeCaller \
      --intervals "$INTERVALS" \
      -R "$REF" \
      -I "$OUT"/results/alignment/${SN}_sorted_marked_recalibrated.bam \
      -O "$OUT"/results/variants/${SN}_g.vcf.gz \
      -ERC GVCF \
      -G Standard \
      -G AS_Standard

Вот ошибка:

      ***********************************************************************

A USER ERROR has occurred: Unrecognized annotation group name: Standard

***********************************************************************

Answer 1

Я думаю, что эти параметры должны быть:-G StandardAnnotation
-G AS_StandardAnnotation

По крайней мере, когда я изменил их на это, это не выдало сообщение об ошибке.

Однако я мало использовал GATK, поэтому не уверен, что это правильно. Я опубликовал на соответствующей странице Broad, так что там может появиться больше информации.