как подготовить базу данных, чтобы я мог использовать ggalluvium

Question

Привет всем. Я пытаюсь отобразить результаты, используя ggalluvial. У меня есть набор данных в базе данных, отображающий несколько человек, и я хотел бы отобразить эти результаты на графике ggalluvium с первым отображением в перераспределении лиц для первого события (groupe_pathogen1), аллювия, а затем второй строки отображение перераспределения лиц по второму событию (groupe_pathogen2).

Мне не удается отобразить этот ggalluvium, вероятно, главным образом потому, что я не могу агрегировать свои данные надлежащим образом. Может ли кто-нибудь помочь понять, где я делаю ошибку, найти ее с кодом, заранее спасибо R

      library(ggplot2)
library(ggalluvial)

setwd ("C:\\  \\  \\  \\  \\")

bob<-read.csv (file="donnes_graph_oi.csv", sep=";", header=F)

bob$id<-bob$V1
bob$V1<-NULL
bob$infection_1<-bob$V2
bob$V2<-NULL
bob$infection_2<-bob$V3
bob$V3<-NULL
bob$groupe_pathogene_1<-bob$V4
bob$V4<-NULL
bob$groupe_pathogene_2<-bob$V5
bob$V5<-NULL
bob$number<-1


 
bob$groupe_pathogene_1 <- as.character(bob$groupe_pathogene_1)
bob$groupe_pathogene_2 <- as.character(bob$groupe_pathogene_2)

## aggregation of the data 
aggregated_data_1 <- aggregate (number ~bob$groupe_pathogene_1 + bob$groupe_pathogene_2, bob, sum)

## creation of the plot
ggplot(as.data.frame(aggregated),       aes(y=number , axis1 =bob$groupe_pathogene_1, axis2 =bob$groupe_pathogene_2))+
  geom_alluvium(aes(fill =bob$groupe_pathogene_1), width = 1/12)+
  geom_stratum(width = 1/5, fill = "grey", color = "black")+
  geom_label(stat = "stratum", aes(label = after_stat(stratum)), size=6,)+
  scale_x_discrete(limits = c("First infection", "Second infection"), expand = c(.05, .05))+
  scale_fill_brewer(type = "qual", palette = "Set1")   ```