Отображение кода R с использованием офицерского пакета
Я только начал изучать, как создавать воспроизводимые исследовательские документы, используя R. Пакет офицеров выглядит довольно удивительно. Мне удалось сделать документ Word, но я чувствую, что изо всех сил пытаюсь понять, как именно использовать программное обеспечение. В настоящее время я пытаюсь выяснить, как отобразить код R. Только сам код или, возможно, код плюс вывод, который он генерирует.
Ниже приведен простой R-код.
Как бы я распечатал это в моноширинном формате, как курьер? Будет ли лучше сделать это, настроив что-то в шаблонном документе Word? Или это простая задача, в которой было бы больше смысла делать это с помощью функций пакета? Если да, то какие? Я смотрел на такие функции, как ftext и fp_text, но, похоже, не нашел решения. Я также заметил, что в ReporteRs было что-то, называемое pot, но, похоже, это не относится к обновленному пакету офицеров.
Кроме того, что если бы я хотел, чтобы код отображался в сером поле, как то, что вы видите с помощью rmarkdown в RStudio? Это больше вопрос поиска чего-нибудь в шаблоне Word?
###################################################
#### Example: Hyalurise in Vitreous Hemorrhage ####
###################################################
connection <- textConnection(
"
101 32 1 A 3 . 102 20 1 A 4 10 103 -52 0 A 3 .
104 4 0 A 4 . 105 24 1 A 4 52 106 41 1 A 3 .
107 32 0 A 4 12 108 32 1 A 4 . 109 25 0 A 3 .
110 -10 1 A 3 . 111 8 0 A 3 . 112 32 1 A 4 .
113 -52 0 A 4 38 114 45 1 A 3 36 115 -14 0 A 4 .
116 6 1 A 3 . 117 -52 1 A 4 . 118 9 0 A 4 28
119 13 1 A 3 . 120 36 0 A 4 . 121 6 1 A 4 .
122 -42 0 A 4 . 123 44 1 A 3 28 124 -52 0 A 3 .
125 23 1 A 4 . 126 30 1 A 3 . 127 16 0 A 3 .
128 2 1 A 3 . 129 21 0 A 3 6 130 26 1 A 4 .
131 8 0 A 3 . 132 46 1 A 4 18 133 21 1 A 4 .
134 14 1 A 3 . 135 -52 0 A 3 . 136 -24 1 A 3 .
137 -22 0 A 3 . 138 -35 0 A 3 . 139 19 1 A 3 .
140 24 1 A 4 20 141 31 1 A 3 12 142 28 0 A 4 .
143 -52 0 A 4 34 144 -52 1 A 3 . 145 35 0 A 3 .
146 40 1 A 4 . 147 4 0 A 3 . 148 7 1 A 4 24
149 -2 0 A 4 . 150 16 1 A 4 . 151 36 1 A 3 4
152 12 0 A 3 . 153 28 1 A 3 . 154 48 0 A 3 42
155 -38 1 A 3 . 156 9 1 A 3 . 157 11 0 A 3 .
158 20 0 A 4 . 159 30 1 A 4 . 160 6 1 A 4 .
201 -15 0 B 3 . 202 -4 1 B 3 . 203 10 1 B 4 .
204 10 0 B 4 . 205 8 0 B 3 . 206 11 1 B 3 .
207 -52 1 B 4 . 208 12 1 B 3 . 209 20 0 B 3 .
210 46 1 B 4 . 211 32 0 B 4 44 212 10 1 B 3 .
213 42 0 B 3 . 214 31 1 B 4 20 215 4 1 B 4 .
216 -24 0 B 3 . 217 20 1 B 3 33 218 16 0 B 3 .
219 2 1 B 3 . 220 25 1 B 4 . 221 11 0 B 4 .
222 -52 0 B 4 . 223 20 1 B 4 . 224 9 1 B 3 .
225 22 1 B 3 . 226 23 1 B 3 . 227 11 0 B 3 .
228 13 1 B 3 . 229 -7 0 B 4 . 230 8 1 B 4 .
231 37 1 B 4 . 232 32 0 B 4 26 233 24 1 B 3 10
234 -52 1 B 4 . 235 20 0 B 4 . 236 34 0 B 4 .
237 27 1 B 3 . 301 10 1 C 3 . 302 -10 0 C 4 8
303 32 1 C 4 . 304 14 1 C 4 20 305 24 0 C 3 .
306 14 1 C 4 . 307 36 0 C 3 . 308 -52 0 C 3 .
309 7 1 C 3 . 310 6 0 C 4 . 311 5 1 C 3 .
312 9 1 C 3 . 313 12 1 C 4 . 314 21 0 C 3 .
315 10 1 C 3 . 316 26 0 C 4 36 317 -52 1 C 4 .
318 10 1 C 3 . 319 27 0 C 4 12 320 5 1 C 3 .
321 34 1 C 3 16 322 14 0 C 4 . 323 6 1 C 3 .
324 22 1 C 4 . 325 45 0 C 4 12 326 16 0 C 3 .
327 15 1 C 3 30 328 33 0 C 4 22 329 20 1 C 3 .
330 -52 1 C 3 30 331 5 0 C 4 . 332 10 1 C 3 .
333 16 0 C 3 . 334 -2 1 C 4 . 335 17 0 C 4 .
336 16 0 C 4 . 337 16 1 C 3 . 338 33 1 C 3 20
339 24 0 C 3 11 340 12 1 C 3 . 341 27 1 C 4 18
342 2 1 C 4 . 343 -6 0 C 4 . 344 -20 1 C 4 .
345 14 0 C 3 . 346 3 1 C 3 .
"
)
vitclear <- data.frame(scan(
connection,
na.strings = ".",
list(
PAT = 0,
RSPTIM = 0,
TRT = 0,
CENTER = "",
DENS = 0,
INFTIM = 0
)
))
# RSPTIM = time (wks) from randomization to response (censored if negative)
# TRT = 1 for Hyalurise, TRT = 0 for Saline
# CENTER = study center (A, B, or C)
# DENS = 3, 4 for Grade 3 or 4, respectively
# INFTIM = time (wks) from randomization to onset of infection complications
vitclear$STATUS <- with(vitclear, ifelse(RSPTIM > 0, 1, 0))
vitclear$RSPTIM <- with(vitclear, abs(RSPTIM))
vitclear