gatk CombineGVCFs, используя файл аргументов с пробелами в пути
Я использую gatk CombineGVCF и предоставляю пути к GVCF для объединения с помощью файла аргументов, но получаю сообщение об ошибке, когда в пути к файлу в файле аргументов есть пробелы.
Вот пример содержимого файла аргументов:
--variant /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/Illumina_amplicon_sequencing/2021.10.13 Emma MSH3 KO Illumina amplicon sequencing/2021.12.14 results/sample/results/variants/FAN1-1B5_g.vcf.gz
--variant /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/refs/1000G/cram/ROI/1000G_sample_ROI.g.vcf
Я пробовал заключить путь к файлу в кавычки (например, --variant "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/Illumina_amplicon_sequencing/2021.10.13 Emma MSH3 KO Illumina Amplicon Sequencing / 2021.12.14 результаты / образец / результаты / варианты / FAN1-1B5_g.vcf.gz "), а также попытался экранировать пробелы (например, / mnt / gpfs / live / rd01 __ / ritd-ag-project-rd018o-mdflo13 / data / Illumina_amplicon_sequencing / 2021.10.13 \ Emma \ MSH3 \ KO \ Illumina \ amplicon \ секвенирование / 2021.12.14 \ results / sample / results / sizes / FAN1-1B5_g.vcf.gz), но не может заставить его работать.
А вот и вызов гатка:
gatk CombineGVCFs \
--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true' \
-R "${GKREF}/Homo_sapiens_assembly38.fasta" \
--arguments_file "${OUT}/results/variants/input.list" \
-O "${OUT}/results/variants/cohort.g.vcf"
И вот ошибка:
***********************************************************************
A USER ERROR has occurred: Illegal argument value: Positional arguments were provided ',Emma\{MSH3\{KO\{Illumina\{amplicon\{sequencing/2021.12.14\{results/sample/results/variants/FAN1-1B5_g.vcf.gz}' but no positional argument is defined for this tool.
***********************************************************************