Ошибка позиционного аргумента gatk VariantRecalibrator

Question

Я пытаюсь выполнить повторную калибровку vcf с помощью gatk VariantRecalibrator, но продолжаю получать сообщение об ошибке «Недопустимое значение аргумента: предоставлены позиционные аргументы». Но я не знаю, что это значит и как это исправить!

Вот мой звонок:

      gatk VariantRecalibrator \
   -R "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/Homo_sapiens_assembly38.fasta" \
   -V "$OUT"/results/variants/"$SN".norm.vcf.gz \
   -AS \
   --resource hapmap,known=false,training=true,truth=true,prior=15.0: "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz" \
   --resource omni,known=false,training=true,truth=false,prior=12.0: "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/1000G_omni2.5.hg38.vcf.gz" \
   --resource 1000G,known=false,training=true,truth=false,prior=10.0: "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf.gz" \
   --resource dbsnp,known=true,training=false,truth=false,prior=2.0: "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf" \
   -an QD -an MQ -an MQRankSum -an ReadPosRankSum -an FS -an SOR \
   -mode SNP \
   -O "$OUT"/results/variants/"$SN".norm.vcf.gz.output.AS.recal \
   --tranches-file "$OUT"/results/variants/"$SN".norm.vcf.gz.output.AS.tranches \
   --rscript-file "$OUT"/results/variants/"$SN".norm.vcf.gz.output.plots.AS.R

И ошибку вижу:

      ***********************************************************************

A USER ERROR has occurred: Illegal argument value: Positional arguments were provided ',/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz{/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/1000G_omni2.5.hg38.vcf.gz{/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf.gz{/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf}' but no positional argument is defined for this tool.

***********************************************************************

Я прочитал руководство и попробовал поискать в Google, но не вижу, как этого избежать. Любая помощь очень ценится!

Answer 1

Сообщение об ошибке в этом случае сбивает с толку. Аргументы имеют неправильный формат, а из-за лишних пробелов следующие аргументы интерпретируются как позиционные аргументы.

Проблема в том, что --resourceблоки должны иметь метаинформацию, присоединенную к имени аргумента, а не разделенную пробелом.

то есть

--resource:hapmap filenameвместо --resource hapmap: filename

Форум GATK — хорошее место, чтобы получить ответы на подобные вопросы.