Возникли проблемы с загрузкой файла .vcf в Plink

Question

Я новичок в кодировании и использовании plink, и в настоящее время у меня проблемы с загрузкой моего файла vcf в командную строку plink.

Я набрал:

      plink --vcf [PD630.vcf]

Но получил эту ошибку:

Ошибка: не удалось открыть [PD630.vcf]. (--vcf ожидает полное имя файла; вы забыли .vcf в конце?)

Однако я уже несколько раз вводил полное и точное имя файла в скобки.

Answer 1

Мне кажется, вы слишком буквально восприняли инструкцию по применению.

Обычно при записи параметров командной строки используются квадратные скобки для представления необязательных аргументов, поэтому --vcf [filename]будет означать « --vcfswitch может дополнительно сопровождаться именем файла». Квадратные скобки не обязательно вводить буквально, и их ввод заставит программу искать файл с этими скобками в имени .

Итак, вместо plink --vcf [filename.vcf]вы, вероятно, хотите просто plink --vcf filename.vcf.