Не удается подключиться к ядру R с помощью экземпляра ноутбука jupyter на платформе Google AI

Question

Когда я создаю новый экземпляр, следуя инструкциям здесь https://cloud.google.com/architecture/data-science-with-r-on-gcp-eda, ноутбук не может подключиться к ядру R. Он говорит инициализация, затем подключение, затем отключение.

Когда я подключаюсь к серверу по SSH и звоню curl http://127.0.0.1:8080/api/kernelspecs, Я получаю следующий результат.

      {
    "default": "python3", 
    "kernelspecs": {
        "python3": {
            "name": "python3", 
            "spec": {
                "argv": [
                    "/opt/conda/bin/python", "-m","ipykernel_launcher", "-f", "{connection_file}"
                ], 
                "env": {}, 
                "display_name": "Python 3", 
                "language": "python", 
                "interrupt_mode": "signal", 
                "metadata": {"debugger": true}
            }, 
            "resources": {
                "logo-32x32": "/kernelspecs/python3/logo-32x32.png",
                "logo-64x64": "/kernelspecs/python3/logo-64x64.png"
            }
        }, 
        "ir": {
            "name": "ir", 
            "spec": {
                "argv": [
                    "/usr/lib/R/bin/R", "--slave", "-e", "IRkernel::main()", "--args", "{connection_file}"
                ], 
                "env": {}, 
                "display_name": "R", 
                "language": "R", 
                "interrupt_mode": "signal", 
                "metadata": {}
            }, 
            "resources": {
                "kernel.js": "/kernelspecs/ir/kernel.js", 
                "logo-64x64": "/kernelspecs/ir/logo-64x64.png"}
            }, 
            "conda-root-py": {
                "name": "conda-root-py", 
                "spec": {
                    "argv": ["/opt/conda/bin/python", "-m", "ipykernel_launcher", "-f", "{connection_file}"
                    ], 
                    "env": {}, 
                    "display_name": 
                    "Python [conda env:root] *", 
                    "language": "python", 
                    "interrupt_mode": "signal", 
                    "metadata": {
                        "debugger": true, 
                        "conda_env_name": "root", 
                        "conda_env_path": "/opt/conda"
                    }
                }, 
                "resources": {
                    "logo-32x32": "/kernelspecs/conda-root-py/logo-32x32.png", 
                    "logo-64x64": "/kernelspecs/conda-root-py/logo-64x64.png"
                }
            }
       }
}root@r-ma5832xxxxxxxxx

Верно ли это для экземпляра, созданного с использованием параметра среды R4.0?

Answer 1

Когда я проверил логи сервера, я обнаружил следующее:

      Error: package ‘IRkernel’ was installed before R 4.0.0: please re-install it

Я открыл консоль ssh для сервера и перешел в / etc / R, затем запустил R, набрав «R».

Затем я попытался установить пакет, используя install.packages('IRkernel')в соответствии с инструкциями здесь: https://github.com/IRkernel/IRkernel, только я столкнулся с множеством отсутствующих зависимостей. Я попытался обновить свою версию R, следуя инструкциям здесь: https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/#debian-buster-stable, но оказалось, что я обновлен. Осталось только обновить все мои пакеты. Я выполнил инструкции с веб-сайта Cran, а затем вернулся к своему ноутбуку jupyter и смог подключиться к ядру.

В конце концов, все, что мне нужно было сделать, это запустить команду ниже в R на моем сервере, чтобы разблокировать ядро.

      update.packages(lib.loc="/usr/local/lib/R/site-library", ask = FALSE, checkBuilt = TRUE, Ncpus = 16)