Цикл AWK по нескольким столбцам

Представьте, что у меня следующая ситуация (несколько столбцов и строк):

      1/1:123:121 TAB 0/0:1:21 TAB 1/1:12:14
0/1:12:23 TAB 0/1:12:15 TAB 0/0:123:16
0/0:3:178 TAB 1/1:123:121 TAB 1/1:2:28

Хотелось бы, чтобы awk перебирал каждый столбец и записывал новый вывод при следующих условиях:

ЕСЛИ первое поле (разделенное ":") равно 1/1 ИЛИ 0/0,

затем напишите "НА" ВКЛАДКА "НА"

ЕЩЕ

впишите два числа в следующие поля: «Номер 1» ВКЛАДКА «Номер 2». Разделитель между столбцами должен быть TAB.

Таким образом, желаемый результат из приведенного выше примера будет:

      NA TAB NA TAB NA TAB NA TAB NA TAB NA
12 TAB 23 TAB 12 TAB 15 TAB NA TAB NA
NA TAB NA TAB NA TAB NA TAB NA TAB NA

Ниже приведен мой текущий код, который работает для первого столбца, но я не знаю, как заставить его работать для ВСЕХ столбцов в файле.

      awk '{split($0,a,":"); print a[1]"\t"a[2]"\t"a[3]}' |
awk -F"\t" '{
    if ($1 == "0/0" || $1 == "1/1")
        print $1="NA", $2="NA"
    else
        print $2"\t"$3
}'

Есть идеи, как этого можно достичь?

Заранее большое спасибо, Джордж.

Источник

4 ответа

Решение

You may use this awk:

      awk -v OFS='\t' -F '[:\t]' '{
   s = ""
   for (i=1; i<=NF; i+=3)
      s = (s == "" ? "" : s OFS) ($i == "0/0" || $i == "1/1" ? "NA" OFS "NA" : $(i+1) OFS $(i+2))
   print s
}' file

NA  NA  NA  NA  NA  NA
12  23  12  15  NA  NA
NA  NA  NA  NA  NA  NA
Источник

If I'm understanging your notation of TAB correctly, would you please try:

      awk -F"\t" '{
    for (i = 1; i <= NF; i++) {
        split($i, a, ":")
        if (a[1] == "0/0" || a[1] == "1/1") a[2] = a[3] = "NA"
        printf "%s\t%s%s", a[2], a[3], i == NF ? "\n" : "\t"
    }
}' input_file

where input_file looks like:

      1/1:123:121     0/0:1:21        1/1:12:14
0/1:12:23       0/1:12:15       0/0:123:16
0/0:3:178       1/1:123:121     1/1:2:28

and the output:

      NA      NA      NA      NA      NA      NA
12      23      12      15      NA      NA
NA      NA      NA      NA      NA      NA
Источник

A sed solution:

      sed  's~\(0/0\|1/1\)[0-9:]\+~NA\tNA~g; s~./.:\([0-9]\+\)\:\([0-9]\+\)~\1\t\2~g' dat.tab  

NA  NA  NA  NA  NA  NA
12  23  12  15  NA  NA
NA  NA  NA  NA  NA  NA

first substitution NAs fields beginning with '0/0' or '1/1'
second substitution isolates and emits the trailing colon separated numbers from the field

(did tidy up output spacing)

Источник

One possible solution:

       awk '{ for(i=1; i<=NF; i++){split($i,a,","); if (a[1] == "0/0" || a[1] == "1/1") {printf " ""NA"" ""NA"} else {printf " "a[2]" "a[3]}} print""}' | cut -d " " -f2- > Test.txt
Источник
Другие вопросы по тегам