Проверьте, является ли поле ALT в VCF токеном в угловых скобках или списком токенов в угловых скобках, используя pyvcf
Можно ли проверить, является ли поле ALT в VCF токеном в угловых скобках или списком токенов в угловых скобках с помощью пакета pyvcf python?
Например, рассмотрим следующую строку VCF:
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12877_S1
22 42523949. Т <CN0>, <CN2>, <CN3>, <CN4> . PASS END= 42533891; SVTYPE=CNV GT: CN: CNL:CNP:CNQ:GP:GQ:PL 0/2: 3: -227.7, -17.28, -1.07, -0.04, -2.79, -7.05, -12.06, -17,5, -23,21, -29,09: -229,94, -17,81, -0,56, -0,14, -3,53, -8,94, -14,85, -20,3, -25,85, -48,32: 4,2: -0,48, -18,39, -231,64, -0,19, -1,61, -4,28, -5,17, -2,81, -10,79, -18,37, -10,19, -6,01, -16,28, -23,05, -28,3: 3: 12,169,2274,0,9,32,29,0,70,122,70,29,119,172,229
Поле ALT: <CN0>, <CN2>, <CN3>, <CN4>.