Проблема с установкой GLPK в Windows для пакета python pyFBA (хотя glpsol работает)
Я знаю, что об этой проблеме уже много спрашивали - и во многих случаях она решалась, но ни одно из прочитанных мной решений не помогло мне. Так что я был бы очень признателен, если бы у кого-нибудь возникла другая идея или можно было бы попытаться прояснить, где я упускаю точку. Я пытаюсь использовать пакет python pyFBA, который требует использования решателя GLPK. Как описано на странице установки https://linsalrob.github.io/PyFBA/installation.html, необходимо установить некоторые другие пакеты, включая GLPK. Все остальные зависимости можно установить без проблем, но glpk. Когда я пытаюсь установить непосредственно glpk с помощью
pip install glpkили когда я запускаю тест с setup.py pyfba, оба дают одну и ту же ошибку:
«ОШИБКА: не удалось создать колеса для glpk, которые используют PEP 517 и не могут быть установлены напрямую»
Это также означает, что он не может найти glpk.h. (Я вставил полную ошибку в конце этого сообщения). Иногда я читаю, что мне нужно добавить файл заголовка к пути, но я не знаю, какой именно путь (пробовал несколько вещей, безуспешно). Я использую 64-битную Windows 10, но безуспешно пробовал и Ubuntu/WSL. Обычно я работаю с PyCharm CE 2020.2 и пытался выполнить всю установку в PyCharm, а также в терминалах windows и ubuntu. Я пробовал использовать venv, anaconda или не использовать виртуальную среду. Похоже, что решатель установлен правильно (я вручную добавил путь к переменным среды), поскольку всякий раз, когда я набираю glpsol в терминале, возвращается следующее сообщение:
«GLPSOL: GLPK LP / MIP Solver, v4.65 Не указан входной файл проблем; попробуйте glpsol –help »
Я пробовал использовать опцию
–no-binary :all:при установке разницы нет. Примечательно, что когда я пытаюсь установить pyfba с помощью setup.py, также упоминается, что необходимо установить setuptools_scm, до того как создать колесо для glpk будет невозможно. Но установка setuptools_scm ничего не меняет в этой проблеме с glpk. Возможно, я пропустил другую информацию, но надеюсь, что ситуация достаточно ясна. Как вы думаете, проблема с установкой GLPK (хотя я могу запустить glpsol)? Есть идеи, как это решить?Заранее благодарю за любую помощь. 😊
Полный отчет об ошибке:
«ОШИБКА: ошибка команды со статусом выхода 1: команда:'C: \ Users \ user.conda \ envs \ pyFBATests8 \ python.exe''C: \ Users \ user.conda \ envs \ pyFBATests8 \ lib \ site-packages \ pip_vendor \ pep517 \ in_process_in_process.py'build_wheel'C: \ Users \ user \ AppData \ Local \ Temp \ tmp4fk3gq7m'cwd: C: \ Users \ user \ AppData \ Local \ Temp \ pip-install-2x29f4y6 \ glp017d1c_fullcd2d6d6d3d1ecd1cd1cd1cd3d1cd1cd1d6d3d1ec8 (12 строк): запуск bdist_wheel, запуск сборки,
запуск build_ext, создание расширения 'glpk', создание сборки
создание build \ temp.win-amd64-3.8 создание build \ temp.win-amd64-3.8 \ Release создание build \ temp.win-amd64-3.8 \ Release \ src C: \ Program Files(x86) \ Microsoft VisualStudio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.28.29910 \ bin \ HostX86 \ x64 \ cl.exe/c /nologo /Ox /W3 /GL /DNDEBUG /MD -DVERSION_NUMBER=""0.4.6""-IC: \ Users \ user \ PycharmProjects \ pyFBATest2 \ venv \ Lib \ site-packages \ winglpk-4.65 \ glpk-4.65 \ w64 \ include -IC: \ Users \ user.conda \ envs \ pyFBATests8 \ include -IC: \ Users \ user .conda \ envs \ pyFBATests8 \ include "-IC: \ Program Files(x86) \ Microsoft VisualStudio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.28.29910 \ ATLMFC \ include""-IC: \ Program Fil es ( x86) \ Microsoft VisualStudio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.28.29910 \ include ""-IC: \ Program Files(x86) \ Windows Kits \ 10 \ include \ 10.0.19041.0 \ ucrt "" -IC :\ Program Files(x86) \ Windows Kits \ 10 \ include \ 10.0.19041.0 \ shared ""-IC: \ Program Files(x86) \ Windows Kits \ 10 \ include \ 10.0.19041.0 \ um ""-IC: \ Программные файлы (x86) \ Windows Kits \ 10 \ include \ 10.0.19041.0 \ winrt""-IC: \ Program Files(x86) \ Windows Kits \ 10 \ include \ 10.0.19041.0 \ cppwinrt"/Tcsrc\glpk.c /Fobuild \ temp.win-amd64-3.8 \ Release \ src \ glpk.obj
glpk.c
C: \ Users \ user \ AppData \ Local \ Temp \ pip-install-2x29f4y6 \ glpk_f81ad0cdc2b64ce99d1b63517000e9d3 \ src \ lp.h(24): фатальная ошибка C1083: Impossible d'ouvrir le glpierk includeÿ: ÿ: Нет такого файла или ошибки каталога: команда 'C: \ Program Files(x86) \ Microsoft VisualStudio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.28.29910 \ bin \ HostX86 \ x64 \ cl.exe' не удалась с статус выхода 2 ----------------------------------------
ОШИБКА: Не удалось построить колесо для glpk”
Я думаю, это нормально, так как это временная папка, но путь не существует, когда я пытаюсь найти его после попытки установки. Но будет ли остающаяся ошибка пути, даже если glpsol работает?
Примечание: чтобы добавить переменную среды для glpk, я изменил «Путь» как в системной, так и в пользовательской среде и добавил «C: \ Users \ user \ glpk-4.60 \ w64», куда я загрузил GLPK.
Спасибо!