install_github - пакет не устанавливается

Question

install_github - пакет не устанавливается

Я пытаюсь установить пакет, но по какой-то причине он не устанавливается? Я получаю сообщение об ошибке ERROR: не удалось выполнить компиляцию для пакета "methylclock".

      install_github("isglobal-brge/methylclock")

Загрузка репозитория GitHub isglobal-brge / methylclock@HEAD Для этих пакетов доступны более свежие версии. Рекомендуется обновить их все. Что бы вы хотели обновить?

       1: All                                  
 2: CRAN packages only                   
 3: None                                 
 4: matrixStats (0.58.0 -> 0.59.0) [CRAN]
 5: fansi       (0.4.2  -> 0.5.0 ) [CRAN]
 6: tibble      (3.1.1  -> 3.1.2 ) [CRAN]
 7: cachem      (1.0.4  -> 1.0.5 ) [CRAN]
 8: stringi     (1.5.3  -> 1.6.2 ) [CRAN]
 9: rtracklayer (1.49.5 -> 1.50.0) [CRAN]
 10: zip         (2.1.1  -> 2.2.0 ) [CRAN]

Enter one or more numbers, or an empty line to skip updates: 1
matrixStats (0.58.0 -> 0.59.0) [CRAN]
fansi       (0.4.2  -> 0.5.0 ) [CRAN]
tibble      (3.1.1  -> 3.1.2 ) [CRAN]
cachem      (1.0.4  -> 1.0.5 ) [CRAN] 
stringi     (1.5.3  -> 1.6.2 ) [CRAN]
rtracklayer (1.49.5 -> 1.50.0) [CRAN]
zip         (2.1.1  -> 2.2.0 ) [CRAN]
Installing 7 packages: matrixStats, fansi, tibble, cachem, stringi, rtracklayer, zip

Предупреждение: пакет «matrixStats» используется и не будет установлен. Установка пакетов в «C:/Users/saeed/Documents/R/win-library/4.0» (поскольку «lib» не указана)

Доступны двоичные версии, но исходные версии более поздние: двоичный исходный код needs_compilation stringi 1.5.3 1.6.2 TRUErtracklayer 1.49.5 1.50.0 TRUEzip 2.1.1 2.2.0 TRUE

пытается URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.0/fansi_0.5.0.zip' Тип содержимого 'application / zip' длина 248461 байт (242 КБ) загружено 242 КБ

пытается URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.0/tibble_3.1.2.zip' Тип содержимого 'application / zip' длина 825073 байта (805 КБ) загружено 805 КБ

пытается URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.0/cachem_1.0.5.zip' Тип содержимого 'application / zip' длина 78389 байт (76 КБ) загружено 76 КБ

пакет 'Fani' успешно распакован и суммы MD5 проверены Предупреждение: невозможно удалить предыдущую установку пакета 'Fani' Предупреждение: восстановленный пакет 'Fani' успешно распакован и суммы MD5 проверены Предупреждение: невозможно удалить предыдущую установку пакета 'tibble' Предупреждение: восстановлен пакет 'tibble' cachem 'успешно распакован и суммы MD5 проверены Предупреждение: невозможно удалить предыдущую установку пакета' cachem 'Предупреждение: восстановлено' cachem '

Загруженные двоичные пакеты находятся в C: \ Users \ saeed \ AppData \ Local \ Temp \ RtmpcBVi0v \ loaded_packages, устанавливая исходные пакеты 'stringi', 'rtracklayer', 'zip'

пытается URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/stringi_1.6.2.tar.gz' Тип содержимого 'application / x-gzip' длина 7575370 байт (7,2 МБ) загружено 7,2 МБ

пытается URL 'https://bioconductor.org/packages/3.12/bioc/src/contrib/rtracklayer_1.50.0.tar.gz' Тип содержимого 'application / x-gzip' длина 6369416 байт (6,1 МБ) загружено 6,1 МБ

пытается URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/zip_2.2.0.tar.gz' Тип содержимого 'application / x-gzip' длина 114391 байт (111 КБ) загружено 111 КБ

установка исходного пакета 'stringi' ... ** пакет 'stringi' успешно распакован и проверены суммы MD5 ОШИБКА: невозможно удалить предыдущую установку, используется ли он?
удаление 'C:/Users/saeed/Documents/R/win-library/4.0/stringi'
восстановление предыдущего 'C:/Users/saeed/Documents/R/win-library/4.0/stringi' Предупреждение в file.copy(lp, dirname(pkgdir), recursive = TRUE, copy.date = TRUE): проблема с копированием C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ 00LOCK-stringi \ stringi \ libs \ icudt61l.dat в C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ stringi \ libs \ icudt61l. dat: недопустимый аргумент Предупреждение в файле file.copy(lp, dirname(pkgdir), recursive = TRUE, copy.date = TRUE): проблема при копировании C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ 00LOCK-stringi \ stringi \ libs \ x64 \ stringi.dll в C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ stringi \ libs \ x64 \ stringi.dll: в разрешении отказано
установка исходного пакета 'rtracklayer' ... ОШИБКА: невозможно удалить предыдущую установку, используется ли она?
удаление 'C:/Users/saeed/Documents/R/win-library/4.0/rtracklayer'
восстановление предыдущего предупреждения 'C:/Users/saeed/Documents/R/win-library/4.0/rtracklayer' в файле file.copy(lp, dirname(pkgdir), recursive = TRUE, copy.date = TRUE): проблема с копированием C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ 00LOCK-rtracklayer \ rtracklayer \ libs \ x64 \ rtracklayer.dll в C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ rtracklayer \ libs \ x64 \ rtracklayer.dll: в доступе отказано
установка исходного пакета 'zip' ...** пакет 'zip' успешно распакован и суммы MD5 проверены ** с помощью поэтапной установки ** библиотеки

*** arch - i386"c: / rtools40 / mingw32 / bin /"gcc -O2 -Wall -std=gnu99 -mfpmath=sse -msse2 -mstackrealign -DCMDZIP miniz.c zip.c winutils.c tools / cmdzip.c
-municode -o tools / cmdzip.exesh: c: / rtools40 / mingw32 / bin / gcc: Нет такого файла или каталога make: *** [Makevars.win:9: tools / cmdzip.exe] Ошибка 127 ОШИБКА: компиляция не удалось загрузить пакет "zip"

удаление 'C:/Users/saeed/Documents/R/win-library/4.0/zip'
восстановление предыдущего 'C:/Users/saeed/Documents/R/win-library/4.0/zip'

Загруженные исходные пакеты находятся в 'C: \ Users \ saeed \ AppData \ Local \ Temp \ RtmpcBVi0v \ loaded_packages' √ проверка на наличие файла 'C: \ Users \ saeed \ AppData \ Local \ Temp \ RtmpcBVi0v \ remotes4c682cb429e7 \ isglobal-brge-methylclock-6f8c69a / ОПИСАНИЕ '...

подготовка "methylclock": (1.3s) √ проверка метаинформации DESCRIPTION ...
очистка src
проверка окончаний строк LF в исходных текстах и файлах make и сценариях оболочки
проверка пустых или ненужных каталогов
сборка "methylclock_0.7.5.tar.gz"

Установка пакета в 'C:/Users/saeed/Documents/R/win-library/4.0' (поскольку 'lib' не указана)

установка пакета с исходным кодом 'methylclock' ...** с помощью поэтапной установки ** libs

*** arch - i386"c: / rtools40 / mingw32 / bin /"g++ -std=gnu++11 -I"C:/PROGRA~1/R/R-40~1.5/include" -DNDEBUG -I ' C:/Users/saeed/Documents/R/win-library/4.0/Rcpp/include '-O2 -Wall -mfpmath=sse -msse2 -mstackrealign -c NewModel1Clean.cpp -o NewModel1Clean.osh: c: / rtools40 / mingw32 / bin / g++: нет такого файла или каталога make: *** [C:/PROGRA~1/R/R-40~1.5/etc/i386/Makeconf:229: NewModel1Clean.o] Ошибка 127 ОШИБКА: сбой компиляции для пакета "метилклок"

удаление предупреждающих сообщений 'C:/Users/saeed/Documents/R/win-library/4.0/methylclock': 1: В файле file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE): проблема с копированием C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ 00LOCK \ Fani \ libs \ x64 \ Fani.dll в C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ Fani \ libs \ x64 \ Fani.dll: в доступе отказано 2: В file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE): проблема с копированием C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ 00LOCK \ tibble \ libs \ x64 \ tibble.dll в C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ tibble \ libs \ x64 \ tibble.dll: в разрешении отказано 3: в файле file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE): проблема с копированием C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ 00LOCK \ cachem \ libs \ x64 \ cachem.dll в C: \ Users \ saeed \ Documents \ R \ win-library \ 4.0 \ cachem \ libs \ x64 \ cachem.dll: В разрешении отказано 4: В ip (...):установка пакета 'stringi' имела ненулевой статус выхода 5: В ip (...): установка пакета 'rtracklayer' имела ненулевой статус выхода 6: В ip (...): установка пакета 'zip' имел ненулевой статус выхода 7: В ip (...): установка пакета 'C:/Users/saeed/AppData/Local/Temp/RtmpcBVi0v/file4c68a8c1be0/methylclock_0.7.5.tar.gz' имела ненулевой выход статус

0

r compiler-errors quick-install-package

Источник

03 июн '21 в 15:37

0 ответов

Другие вопросы по тегам r compiler-errors quick-install-package