Code Ocean не устанавливает определенную версию пакета R

Я пытаюсь настроить среду в Code Ocean . Мне нужно установить Seurat версии 3.2.0 или 3.2.3, которые не являются последними. Программа установки CRAN (на изображении ниже) может без проблем установить последнюю версию Seurat, то есть 4.0.1. Но когда я указываю версию (3.2.3), она не может ее установить

Установка Seurat позволяет устанавливать более ранние версии через

      remotes::install_version("Seurat", version = "3.X.X")

Я попытался использовать сценарий Code Ocean postsInstall, поскольку они рекомендуют более конкретную установку пакета, используя:

          #!/usr/bin/env bash
set -ex
echo "options(repos ='https://cran.rstudio.com/', \
  unzip = 'internal', \
  download.file.method ='libcurl', \
  Ncpus = parallel::detectCores() )" >> /etc/R/Rprofile.site 

Rscript -e "Sys.setenv(TAR = '/bin/tar'); \
   install.packages('remotes'); \
   remotes::install_version('Seurat', version='3.2.0')"

Я также пробовал инструменты разработчика

      #!/usr/bin/env bash
set -ex
echo "options(repos ='https://cran.rstudio.com/', \
  unzip = 'internal', \
  download.file.method ='libcurl', \
  Ncpus = parallel::detectCores() )" >> /etc/R/Rprofile.site 

Rscript -e "Sys.setenv(TAR = '/bin/tar'); \
   install.packages('devtools'); \
   devtools::install_version('Seurat', version='3.2.0')"

Есть огромный лог-файл. Я думаю, что все зависимости установлены нормально. Но вот последние строчки, связанные с ошибками Сёра.

0 ответов

Другие вопросы по тегам