Code Ocean не устанавливает определенную версию пакета R
Я пытаюсь настроить среду в Code Ocean . Мне нужно установить Seurat версии 3.2.0 или 3.2.3, которые не являются последними. Программа установки CRAN (на изображении ниже) может без проблем установить последнюю версию Seurat, то есть 4.0.1. Но когда я указываю версию (3.2.3), она не может ее установить
Установка Seurat позволяет устанавливать более ранние версии через
remotes::install_version("Seurat", version = "3.X.X")
Я попытался использовать сценарий Code Ocean postsInstall, поскольку они рекомендуют более конкретную установку пакета, используя:
#!/usr/bin/env bash
set -ex
echo "options(repos ='https://cran.rstudio.com/', \
unzip = 'internal', \
download.file.method ='libcurl', \
Ncpus = parallel::detectCores() )" >> /etc/R/Rprofile.site
Rscript -e "Sys.setenv(TAR = '/bin/tar'); \
install.packages('remotes'); \
remotes::install_version('Seurat', version='3.2.0')"
Я также пробовал инструменты разработчика
#!/usr/bin/env bash
set -ex
echo "options(repos ='https://cran.rstudio.com/', \
unzip = 'internal', \
download.file.method ='libcurl', \
Ncpus = parallel::detectCores() )" >> /etc/R/Rprofile.site
Rscript -e "Sys.setenv(TAR = '/bin/tar'); \
install.packages('devtools'); \
devtools::install_version('Seurat', version='3.2.0')"
Есть огромный лог-файл. Я думаю, что все зависимости установлены нормально. Но вот последние строчки, связанные с ошибками Сёра.