Нужно преобразовать список PMID и DOI в библиометрические файлы Excel

Question

Так что я не уверен, отправляю ли я это в правильную группу, но, надеюсь, кто-то может указать мне правильное направление.

По сути, у меня есть список многих номеров PMID и DOI для онлайн-журналов. Я хотел бы иметь возможность импортировать их в Mendeley и создать вывод файлов Excel с разделителями табуляции с каждым заголовком (имя автора, выпуск, год и т. Д.), Разделенными на разные столбцы. Есть какой-либо способ сделать это?

Спасибо,

Answer 1

Я бы порекомендовал API для этой задачи. С вашим списком DOI или PMID вы можете использовать запрос каталога и получить обратно все библиографические данные. Данные будут возвращены в виде объекта JSON, который выглядит следующим образом:

    [
  {
    "title": "Bayesian network meta-analysis to evaluate interferon-free treatments in naive patients with genotype 1 hepatitis C virus infection",
    "type": "journal",
    "authors": [
      {
        "first_name": "Sabrina",
        "last_name": "Trippoli"
      },
      {
        "first_name": "Valeria",
        "last_name": "Fadda"
      },
      {
        "first_name": "Dario",
        "last_name": "Maratea"
      },
      {
        "first_name": "Andrea",
        "last_name": "Messori"
      }
    ],
    "year": 2015,
    "source": "European Journal of Gastroenterology & Hepatology",
    "identifiers": {
      "doi": "10.1097/MEG.0000000000000389",
      "issn": "0954-691X"
    },
    "id": "f7d2d642-fe21-3a0c-b1fb-a5db3ec55b41",
    "link": "http://www.mendeley.com/research/bayesian-network-metaanalysis-evaluate-interferonfree-treatments-naive-patients-genotype-1-hepatitis"
  }
]

Если вы хотите, чтобы он был в форме, пригодной для манипулирования в электронной таблице, вам необходимо преобразовать структурированный JSON в формат плоского файла. Вот пример использования R для создания кадра данных из ввода DOI. Затем фрейм данных может быть записан в виде файла с разделителями табуляции с помощью write.delim,

Конечно, после того, как у вас есть R-фрейм данных, вам может быть проще проводить анализ в R, поскольку есть пакеты для проведения библиометрического анализа.

Возможно, вы надеялись использовать настольный клиент, чтобы избежать необходимости писать какой-либо код, но R довольно легко подобрать, и все сложные части кода уже написаны для вас, поэтому я надеюсь, что это поможет вам начать.