Как указать разные цветовые диапазоны для разных уровней?
Я делаю решетку levelplot от x а также y факторы, которые варьируются от [0,1]:
x y level
1 m3134 m3134 1.0000000
2 m3134 m416B 0.4189057
3 m416B m3134 0.2696508
4 m3134 mA20 0.3322170
5 mA20 m3134 0.2454191
6 m3134 mB 0.3176792
...
Вот скрипт R, который я использую, чтобы сделать фигуру из этих данных:
#!/foo/bar/bin/Rscript --vanilla
args <- commandArgs(TRUE)
mtxFn <- args[1]
pdfFn <- args[2]
mtx <- read.table(mtxFn, col.names=c("x", "y", "level"))
mtx$level[(mtx$level == 1)] <- NA
library(lattice)
trellis.device(dev=pdf, file=pdfFn)
colors <- colorRampPalette(c('red', 'white'))(256)
fig <- levelplot(level~x*y,
data=mtx,
col.regions=colors,
xlab="",
ylab="",
aspect="iso",
scales=list(
x=list(rot=90)
),
panel=function(...) {
arg <- list(...)
panel.levelplot(...)
panel.text(mtx$x, mtx$y, round(mtx$level*100,0), cex=0.5)
}
)
print(fig)
graphics.off();
Это отлично работает. Я получаю следующую цифру:
Тем не менее, вместо того, чтобы клетки помечены NAЯ хотел бы оставить их как 1.00 значения, но цвет всех ячеек между 10 (уровень 0.10) и 79 (уровень 0.79) с colors, Все, что больше 79, окрашивается в тот же цвет, что и то, что применяется к ячейке с ок. уровень 79. Или, предпочтительно, указанные ячейки будут окрашены в черный цвет, без текста внутри них вообще.
Есть ли способ сделать это с levelplot а решетка?
ЗАКЛЮЧИТЕЛЬНОЕ РЕДАКТИРОВАНИЕ
Это не дает большой градиент в цветах, но я достаточно близко, чтобы наградить награду, и, возможно, посмотреть в ggplot2 как альтернатива. Спасибо за всю вашу тяжелую работу над этим.
Вот окончательное редактирование моего скрипта:
#! /foo/bar/bin/Rscript --vanilla
args <- commandArgs(TRUE)
dfFn <- args[1]
pdfFn <- args[2]
df <- read.table(dfFn,
col.names=c("x", "y", "level"),
stringsAsFactors=TRUE,
colClasses=c("factor", "factor", "numeric"))
df$level <- round(df$level*100, 0)
# reorder cell type row-factors (in reverse of given order)
df$y <- factor(df$y, levels=unique(df$y[length(df$y):1]))
lowestValue <- min(df$level)
secondHighestValue <- unique(sort(df$level, decreasing=TRUE))[2]
n <- 10
col.seq <- seq(lowestValue, secondHighestValue, length.out=n)
brks <- c(0, col.seq, Inf)
cuts <- cut(df$level, breaks = brks)
colors <- colorRampPalette(c("white", "red"))(length(levels(cuts))-1)
colors <- c(colors, "black")
cls <- rep(colors, times = table(cuts))
library(lattice)
trellis.device(dev=pdf, file=pdfFn)
fig <- levelplot(cuts~x*y,
data = df,
cuts = n,
col.regions=cls,
xlab="",
ylab="",
aspect="iso",
scales=list(
x=list(rot=90)
),
panel=function(...) {
arg <- list(...)
panel.levelplot(...)
panel.text(df$x, df$y, df$level, cex=0.5)
},
colorkey=list(col=colorRampPalette(c("white", "red"))(length(col.seq)), at=col.seq)
)
print(fig)
graphics.off()
Здесь levelplot что этот скрипт делает:
Если я увеличу n выше 15окраска ячейки снова нарушается, возвращаясь к диагонали ярко-красного вместо черного (как показано).
1 ответ
Это редакция № 3
Это снова мы).:)
Это странно, если я установлю n на значение ниже 15, все будет работать?
df <- read.table("http://dl.dropbox.com/u/31495717/stackru.overlaps.list.txt",
sep = "\t", header = FALSE)
names(df) <- c("x", "y", "level")
df$level <- round(df$level*100, 0)
n <- 10
col.seq <- seq(10, 80, length.out = n)
brks <- c(0, seq(10, 80, length.out = n), 100)
cuts <- cut(df$level, breaks = brks)
colors <- colorRampPalette(c("red", "white"))(length(levels(cuts))-1)
colors <- c(colors, "black")
cls <- rep(colors, times = table(cuts))
print(levelplot(cuts~x*y,
data = df,
cuts = n,
col.regions=cls,
xlab="",
ylab="",
aspect="iso",
scales=list(
x=list(rot=90)
),
panel=function(...) {
arg <- list(...)
panel.levelplot(...)
panel.text(df$x, df$y, df$level, cex=0.5)
},
colorkey = list(col = colors, at = brks)
))