Ошибка файла не найдена при запуске Maxent в biomod2

Question

Когда я запускаю Maxent в biomod2, я получаю эту ошибку:

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection

Дополнительно: Предупреждающие сообщения:

1: running command 'java' had status 1 
2: In file(file, "rt") :
  cannot open file 'Sargassum.muticum.42.1.25.30/models/sstrange_sstmax_parmean_salinity/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_MAXENT.Phillips_outputs/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_Pred_swd.csv': No such file or directory

Я следовал инструкциям http://modata.ceoe.udel.edu/dev/dhaulsee/class_rcode/r_pkgmanuals/MAXENT4R_directions.pdf чтобы добавить путь java, а каталог maxent.jar скопирован в рабочий каталог, а пробелы отсутствуют. в пути.

Когда я печатаю

file.exists("maxent.jar")

Я получаю истинное значение.

Это мои варианты:

model <- biomod2::BIOMOD_Modeling(formatdata                                   ,models=c("GLM","MAXENT.Phillips","RF","SRE")                                      ,models.eval.meth=c('KAPPA', 'TSS', 'ROC')                                      ,models.options = biomod_options('C:/Users/me/maxent.jar')                                      ,SaveObj = TRUE,do.full.models = FALSE                                      ,NbRunEval=1,DataSplitTable=dataSplitTable                                    ,VarImport=3,modeling.id = gsub("BO_", "", paste0(layers, collapse= "_")))

Answer 1

У меня была та же проблема, и представленное здесь решение решило мою проблему:ошибка при запуске maxent из biomod2 в R

Короче говоря, ваш путь к maxent.jar не должен содержать пробелов.

Answer 2

На моем пути также нет места, поэтому я советую следующее:

помещать:

      myBiomodOptions <- BIOMOD_ModelingOptions(MAXENT = list(path_to_maxent.jar = "your_path"))

а затем укажите параметры моделирования следующим образом:

      myBiomodModelOut <- BIOMOD_Modeling(bm.format = myBiomodData.r,
                                    modeling.id = 'AllModels',
                                    models = c('MAXENT'),
                                    bm.options = myBiomodOptions,
                                    CV.strategy = 'random',
                                    CV.nb.rep = 2,
                                    CV.perc = 0.8,
                                    metric.eval = c('TSS','ROC'),
                                    var.import = 2,
                                    seed.val = 42)