remotes::install_github не может найти присутствующую зависимость

Question

Вдохновленный видео Майлза МакБейна о драконе, я хочу установить fnmateпакет / надстройка RStudio. Но remotes::install_github настаивает на том, что у меня нет magrittr, когда на самом деле я.

Я использую библиотеку сайта, настроенную в переменной среды, и, чтобы упростить поиск, я установил magrittr как в моей библиотеке сайта, так и в моей обычной библиотеке.

       ### Confirming library locations
Sys.getenv("R_LIBS_SITE")
# [1] "C:\\rlib"

.libPaths()
# [1] "C:/rlib"                            "C:/Program Files/R/R-4.0.2/library"

### Confirming `magrittr` is installed
packs = installed.packages()
packs[packs[, "Package"] == "hrbrthemes", c(1, 2, 3)]
#          Package    LibPath                              Version
# magrittr "magrittr" "C:/rlib"                            "1.5"  
# magrittr "magrittr" "C:/Program Files/R/R-4.0.2/library" "1.5"  


### Attempting to install `fnmate`
remotes::install_github("MilesMcBain/fnmate")
# Downloading GitHub repo MilesMcBain/fnmate@HEAD
# √  checking for file 'C:\Users\grego\AppData\Local\Temp\RtmpIx8abP\remotes22d49002b1a\MilesMcBain-fnmate-908f638/DESCRIPTION' ...
# -  preparing 'fnmate':
# √  checking DESCRIPTION meta-information ... 
# -  checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
# -  checking for empty or unneeded directories
# -  building 'fnmate_0.0.1.9000.tar.gz'
#    
# * installing *source* package 'fnmate' ...
# ** using staged installation
# ** R
# ** inst
# ** byte-compile and prepare package for lazy loading
# Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
#   there is no package called 'magrittr'                                                 ##### <<<- see error!
# Calls: <Anonymous> ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
# Execution halted
# ERROR: lazy loading failed for package 'fnmate'
# * removing 'C:/Program Files/R/R-4.0.2/library/fnmate'
# Error: Failed to install 'fnmate' from GitHub:
#   (converted from warning) installation of package ‘C:/Users/grego/AppData/Local/Temp/RtmpIx8abP/file22d45afbf9f/fnmate_0.0.1.9000.tar.gz’ had non-zero exit status

Проблема не уникальна для этих пакетов. Затем я попытался установить "hrbrmstr/hrbrthemes" и он дал ошибку, потому что не смог найти extrafont, который также установлен.

Все это делается в новом сеансе R в RStudio.

Как ни странно, проблемы кажутся хуже во встроенном RGui или R.exe - я почти никогда не запускаю R таким образом, но он, похоже, не знает ни о одной из моих библиотек:

       ### In RGui
### The environment variable is present, but the lib paths are not updated
> Sys.getenv("R_LIBS_SITE")
[1] "C:\\rlib"

## This path does not exist on my computer
> .libPaths()
[1] "C:/projects/r-base/src/R-source/library"

## the site library is not checked
> library(magrittr)
Error in library(magrittr) : no library trees found in 'lib.loc'

## works if I manually specify the library
library(magrittr, lib.loc = "C:\\rlib")
Warning message:
package 'magrittr' was built under R version 4.0.3

Answer 1

Когда я впервые столкнулся с проблемой, я указал библиотеку сайта только как переменную среды. Я попытался исправить, добавив строку .Library.site <- "C:/rlib" к моему Rprofile.siteфайл, но ничего не изменилось - включая поведение RGui и R.exe. Я был удивлен и сбит с толку тем, что они, похоже, не узнают мою библиотеку сайта.

Поэтому я явно добавил библиотеку сайта в .libPaths() в моем Rprofile.site файл (находится в Program Files/R/R-4.0.2/etc, и, похоже, это помогло. Затем я смог использовать remotes::install_github как из RStudio, так и из R.exe.

Мой Rprofile.site файл теперь выглядит так:

.Library.site <- "C:/rlib"
.libPaths(.Library.site)