Как напечатать "\t" в awk
Мне нужно прочитать файл, проигнорировать некоторые строки и напечатать нужные строки с разделителями табуляции в виде строк, т.е. строки ввода:
1 7579643 . C <DEL> . . DP=417;DPADJ=1471;RO=417;AO=1054;AF=0.716519374575119;END=7579660;SVLEN=17;SVTYPE=DEL;SVCONF=HIGH . .
выходная строка: -
1\t7579643\t.\tC\t<DEL>\t.\t.\tDP=417;DPADJ=1471;RO=417;AO=1054;AF=0.716519374575119;END=7579660;SVLEN=17;SVTYPE=DEL;SVCONF=HIGH\t.\t.
Может ли это быть достигнуто в awk?
На данный момент у меня есть это: -
awk 'BEGIN{FS="\n"}{gsub(/\t/, /\\t/); if ($1 !~/#/) print $1}' test.vcf
Но мои выходные строки не показывают разделители правильно: -
1075796430.0C0<DEL>0.0.0DP=417;DPADJ=1471;RO=417;AO=1054;AF=0.716519374575119;END=7579660;SVLEN=17;SVTYPE=DEL;SVCONF=HIGH0.0.
Рад сделать это в обычном bash или sed и т. Д.
1 ответ
Ну у вас есть FS="\n"
и я не понимаю этого в этом контексте, и поэтому мог бы не согласиться с этим, но:
$ awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\\t"}{$1=$1;print}' file
Разъяснение:
awk '
BEGIN {
FS="\t" # tab separated
OFS="\\t" # \t string separated
}
{
$1=$1 # rebuild the record
print # output
}' file
(Может быть, изменить это FS="\n"
одна решит вашу проблему, не пробовал, слишком много вкладок, чтобы исправить.)