Возникла проблема с обнаружением ошибки, которая вызывает файл (файл, "r"): не удается открыть соединение - преобразование данных MassSpec
Я работаю с данными масс-спектрометрии и пытаюсь преобразовать их из исходного формата файла в формат.mzXML, чтобы иметь возможность правильно работать с ними в R. Я использую готовый код convert.water.R / функция (ссылка на исходную версию целиком находится в конце этого вопроса, помечена *) и massWolf.exe для этого, и я делаю это в Rstudio в системе Windows10.
Предполагается, что это будет довольно просто, когда все зависимости установлены и т.д., но я продолжаю сталкиваться с той же ошибкой, которую мне трудно понять, и был бы признателен за некоторую помощь, если у кого-то есть что предложить.
Для этого рекомендуется разместить файлы convert.water.R и masswolf.exe в рабочем каталоге, а затем создать файл с именем Raw, в котором содержатся все ваши необработанные файлы (.raw) (это мой входной каталог для функции convert.water.R) и еще один пустой файл с именем Converted (это мой выходной каталог для функции convert.waters.R). Я убедился, что это так.
Тогда единственное, что должно потребоваться, - это использовать функцию convert.waters.R. Код такой:
source("waters.convert.R")
indir = c("./Raw")
outdir = c("./Converted")
convert.waters(indir, outdir)
Однако я получаю это сообщение об ошибке
Error in file(file, "r") : cannot open the connection
In addition: Warning messages:
1: In system(paste("massWolf --mzXML ", "\"", input_file, "\"", " ", :
running command 'massWolf --mzXML "C:/Users/thoras13/Desktop/Mass_Spec_data_work/Raw/MSC_257.raw" "C:/Users/thoras13/Desktop/Mass_Spec_data_work/Raw/Converted/\MSC_257314c38ff20b5.mzXML"' had status 3
2: In file(file, "r") :
Error in file(file, "r") : cannot open the connection
Используя show traceback, я получаю это
Error in file(file, "r") : cannot open the connection
3.
file(file, "r")
2.
scan(paste(outdir, tempfile, sep = ""), character(0), sep = "/n",
quiet = T) at waters.convert.R#347
1.
convert.waters(indir, outdir)
Насколько я понимаю, R не может найти файл MSC_257314c38ff20b5.mzXML, поскольку кажется, что его не существует. Я не понимаю, почему его не существует, но я думаю, что это должно иметь какое-то отношение к тому, как он представлен - я никогда раньше не видел, чтобы /\ происходило как в ""C:/Users/thoras13/Desktop/Mass_Spec_data_work/Raw/ Преобразовано /\MSC_257314c38ff20b5.mzXML"", так что я предполагаю, что это как-то связано с этим. Однако у меня возникли проблемы с определением происхождения этой возможной ошибки в коде convert.water.R. Я также нигде не нашел ничего, что объясняло бы, что означает "статус 3", и я искал довольно широко.
Было бы очень признательно за объяснение ошибки статуса 3, а также возможные способы исправить странное потерянное файловое соединение, поскольку я перепробовал все, что мог придумать (хотя я признаю, что еще не очень хорошо разбираюсь в R).
Спасибо (также, если мне не удалось опубликовать хороший, четкий вопрос или я упустил что-то важное, чтобы ответить на него, дайте мне знать. Я думаю, что я предоставил все, но это мой первый вопрос)