Проблема h5py с Docker и Tensorflow на Nvidia Jetson

Question

В настоящее время я пытаюсь создать контейнер докеров, который должен иметь возможность запускать тензорный поток с ускорением графического процессора поверх Xavier AGX.
Мой подход основан на примере и официальной документации nvidia jetson-tensorflow.

Мой Dockerfile выглядит так:

FROM nvcr.io/nvidia/l4t-base:r32.4.2

WORKDIR /

RUN apt update && apt install -y --fix-missing make g++

RUN apt update && apt install -y --fix-missing python3-pip libhdf5-serial-dev hdf5-tools libhdf5-dev zlib1g-dev libjpeg8-dev liblapack-dev libblas-dev gfortran python3-h5py

RUN pip3 install -U pip testresources setuptools cython numpy==1.16.1 future==0.17.1 mock==3.0.5 h5py==2.9.0 keras_preprocessing==1.0.5 keras_applications==1.0.8 gast==0.2.2 pybind11

RUN pip3 install --pre --no-cache-dir --extra-index-url https://developer.download.nvidia.com/compute/redist/jp/v44 tensorflow

COPY requirements.txt .

RUN pip3 install -r requirements.txt

COPY . .

CMD ["python3", "-u", "app.py"]

Однако я получаю эти ошибки, связанные с h5py:

In file included from /tmp/pip-build-cdi1gcqf/h5py/h5py/defs.c:654:0:
    /tmp/pip-build-cdi1gcqf/h5py/h5py/api_compat.h:27:10: fatal error: hdf5.h: No such file or directory
     #include "hdf5.h"

При добавлении

HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/

перед установкой h5py мне это удается, и я дохожу до стадии, когда он устанавливает тензор потока.
Однако затем tenorflow устанавливает h5py==2.10.0, и снова я получаю сообщение об ошибке:

error libhdf5.so: No such file or Directory

Версия Xavier JetPack - 4.4, а версия l4t - 32.4.2.
Любая помощь будет принята с благодарностью!

С уважением Доминик

Answer 1

Решением было изменить:

h5py == 2.9.0 в h5py==2.10.0

в первой команде установки.

Работает следующий Dockerfile:

FROM nvcr.io/nvidia/l4t-base:r32.4.2

WORKDIR /

RUN apt update && apt install -y --fix-missing make g++

RUN apt update && apt install -y --fix-missing python3-pip libhdf5-serial-dev hdf5-tools libhdf5-dev zlib1g-dev libjpeg8-dev liblapack-dev libblas-dev gfortran python3-h5py

RUN HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/ pip3 install -U pip testresources setuptools cython numpy==1.16.1 future==0.17.1 mock==3.0.5 h5py==2.10.0 keras_preprocessing==1.0.5 keras_applications==1.0.8 gast==0.2.2 pybind11

RUN pip3 install --pre --no-cache-dir --extra-index-url https://developer.download.nvidia.com/compute/redist/jp/v44 tensorflow

COPY requirements.txt .

RUN pip3 install -r requirements.txt

COPY . .

CMD ["python3", "-u", "app.py"]