Я получаю ошибку TypeError при преобразовании файла .h5 (HDF5) в формат .zarr

Я пытаюсь преобразовать файл.h5 в формат.zarr, но получаю следующую ошибку

TypeError: Object of type bytes_ is not JSON serializable

Я публикую свой код ниже

import h5py
import zarr
from sys import stdout

source = h5py.File('file.h5', 'r')
dest = zarr.open('file.zarr', 'w')
zarr.convenience.copy_all(source, dest, log=stdout, dry_run=False, if_exists='replace')

Я проверил документацию zarr, некоторые проблемы с github, но не смог понять, как решить эту ошибку.

Добавляю ссылки там, где уже смотрел, но ничего не нашел (или, честно говоря, не понял)

https://zarr.readthedocs.io/en/stable/api/convenience.html

https://github.com/zarr-developers/zarr-python/issues/87

Вот трассировка ошибки

Traceback (most recent call last):
  File "/home/prk/Documents/IISER-stuff/scripts/h5_to_zarr.py", line 8, in <module>
    zarr.convenience.copy_all(source, dest, log=stdout, dry_run=False, if_exists='replace')
  File "/home/prk/Documents/IISER-stuff/venv/lib/python3.8/site-packages/zarr/convenience.py", line 1063, in copy_all
    c, s, b = _copy(
  File "/home/prk/Documents/IISER-stuff/venv/lib/python3.8/site-packages/zarr/convenience.py", line 903, in _copy
    ds.attrs.update(source.attrs)
  File "/home/prk/Documents/IISER-stuff/venv/lib/python3.8/site-packages/zarr/attrs.py", line 120, in update
    self._write_op(self._update_nosync, *args, **kwargs)
  File "/home/prk/Documents/IISER-stuff/venv/lib/python3.8/site-packages/zarr/attrs.py", line 74, in _write_op
    return f(*args, **kwargs)
  File "/home/prk/Documents/IISER-stuff/venv/lib/python3.8/site-packages/zarr/attrs.py", line 131, in _update_nosync
    self._put_nosync(d)
  File "/home/prk/Documents/IISER-stuff/venv/lib/python3.8/site-packages/zarr/attrs.py", line 113, in _put_nosync
    self.store[self.key] = json_dumps(d)
  File "/home/prk/Documents/IISER-stuff/venv/lib/python3.8/site-packages/zarr/util.py", line 24, in json_dumps
    return json.dumps(o, indent=4, sort_keys=True, ensure_ascii=True,
  File "/usr/lib/python3.8/json/__init__.py", line 234, in dumps
    return cls(
  File "/usr/lib/python3.8/json/encoder.py", line 201, in encode
    chunks = list(chunks)
  File "/usr/lib/python3.8/json/encoder.py", line 431, in _iterencode
    yield from _iterencode_dict(o, _current_indent_level)
  File "/usr/lib/python3.8/json/encoder.py", line 405, in _iterencode_dict
    yield from chunks
  File "/usr/lib/python3.8/json/encoder.py", line 438, in _iterencode
    o = _default(o)
  File "/usr/lib/python3.8/json/encoder.py", line 179, in default
    raise TypeError(f'Object of type {o.__class__.__name__} '
TypeError: Object of type bytes_ is not JSON serializable
Источник

1 ответ

Есть ли у вас ресурсы, чтобы попробовать этот инструмент командной строки: https://github.com/saalfeldlab/n5-utils

После установки звоните

n5-copy -i file.h5 -o file.zarr

Это может быть просто сбой в том, как байтовые метаданные обрабатываются экспортером JSON, и это может, по крайней мере, дать вам нужную копию.

Источник
Другие вопросы по тегам