использовать объект класса S4 SeqExpressionSet для построения PCA с помощью ggplot2

Question

Я создал объект класса S4 SeqExpressionSet с EDASeq, который затем могу проанализировать с помощью plotPCA.

Однако функции plotPCA не хватает возможности полностью настроить эстетику. Поэтому мне было интересно, можно ли каким-то образом изменить набор данных, чтобы я мог использовать его, например, с ggplot2 или другим пакетом, который позволяет больше настроек.

Answer 1

Я не знаком с EDAseq, но, по моему мнению, вам придется вручную выполнить PCA и построить график этих результатов. Предполагая, что ваш объект называетсяmy_objectи исходный код, размещенный здесь, вы можете реконструировать процесс следующим образом:

dat <- normCounts(my_object)
dat <- apply(dat, 1, function(y) scale(y, center = TRUE, scale = FALSE))

s <- svd(dat)

df <- data.frame(
  PC1 = s$u[, 1], PC2 = s$u[, 2]
)

ggplot(df, aes(PC1, PC2)) +
  geom_point()

Обратите внимание, что я не тестировал этот код, так как у меня нет данных для примера, и мне было лень установить EDAseq.