setup.py для пакетов, которые зависят как от cython, так и от f2py

Question

Я хотел бы создать скрипт setup.py для пакета python с несколькими подмодулями, которые зависят как от cython, так и от f2py. Я пытался использовать setuptools и numpy.distutils, но до сих пор не получилось:

Использование setuptools

Я могу скомпилировать свои расширения Cython (и создать установку для остальной части пакета), используя setuptools. Я, однако, не смог понять, как использовать setuptools для создания расширения f2py. После тщательного поиска я обнаружил только довольно старые сообщения, подобные этому, в которых говорится, что модули f2py должны быть скомпилированы с использованием numpy.distutils.

Использование numpy.distutils

Я могу скомпилировать свои расширения f2py (и создать установку для остальной части пакета), используя numpy.distutils. Однако я не смог выяснить, как получить numpy.distutils для компиляции моих расширений Cython, так как он всегда пытается использовать Pyrex для его компиляции (и я использую расширения, специфичные для Cython) в последнее время. Я выполнил поиск, чтобы выяснить, как получить numpy.distutils для файлов Cython, и - по крайней мере год назад - они рекомендовали применить патч обезьяны для numpy.distutils. Кажется, применение такого обезьяньего патча также ограничивает параметры, которые могут быть переданы в Cython.

Мой вопрос: каков рекомендуемый способ написания сценария setup.py для пакетов, которые зависят как от f2py, так и от cython? Является ли применение патча для numpy.distutils действительно правильным способом?

Answer 1

Вы можете просто позвонить каждому по отдельности в вашем setup.py, как в
http://answerpot.com/showthread.php?601643-cython%20and%20f2py

# Cython extension
from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

setup(
  ext_modules = [Extension( 'cext', ['cext.pyx'] )],
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  script_args = ['build_ext', '--inplace'],
)

# Fortran extension
from numpy.distutils.core import setup, Extension
setup(
  ext_modules = [Extension( 'fext', ['fext.f90'] )],
)

Ваш контекст вызова (я думаю, что они называют это пространство имен, не уверен)
должен изменить то, что текущий объект расширения и функции
Настройка () есть.

Первый вызов setup (), это distutils.extension.Extension
и distutils.core.setup ()

Второй вызов setup (), это numpy.distutils.core.Extension
и numpy.distutils.core.setup ()

Answer 2

Оказывается, это больше не правда. С обоими setuptools а также distutils (По крайней мере numpy версия) возможно иметь расширения с C, Cython и f2py. Единственное предостережение в том, что для компиляции модулей f2py всегда нужно использовать numpy.distutils для обоих setup а также Extension функции. Но setuptools все еще может использоваться для установки (например, позволяя установить версию для разработчика с python setup.py develop).

Использовать distutils исключительно вы используете следующее:

from numpy.distutils.core import setup
from numpy.distutils.extension import Extension

Использовать setuptoolsнеобходимо импортировать его до distutils импорт:

import setuptools

И тогда остальная часть кода идентична:

from numpy import get_include
from Cython.Build import cythonize

NAME = 'my_package'
NUMPY_INC = get_include()
extensions = [
    Extension(name=NAME + ".my_cython_ext", 
              include_dirs=[NUMPY_INC, "my_c_dir"]
              sources=["my_cython_ext.pyx", "my_c_dir/my_ext_c_file.c"]),
    Extension(name=NAME + ".my_f2py_ext", 
              sources=["my_f2py_ext.f"]),
]
extensions = cythonize(extensions)
setup(..., ext_modules=extensions)

Очевидно, что вы должны положить все остальные вещи в setup() вызов. Выше я предполагаю, что вы будете использовать numpy с Cython вместе с внешним C-файлом (my_ext_c_file.c) это будет при my_c_dir/и что f2py Модуль только один файл Фортран. Отрегулируйте по мере необходимости.