Как исправить "Модель не содержит информацию о пакете fbc SBML".
Я пытаюсь смоделировать некоторые модели, используя пакет SBML. Модель, кажется, работает нормально, но я продолжаю получать эти предупреждения. "Модель не содержит информации о пакете fbc SBML." Макет "пакета SBML не поддерживается cobrapy, информация не анализируется." Рендер "пакета SBML не поддерживается cobrapy, информация не анализируется".
1 ответ
Вы видите только предупреждения о том, что вы не используете пакет fbc SBML для кодирования информации модели на основе ограничений. Скорее всего, вся информация, такая как границы потока и целевая функция, содержится в вашей модели, но в устаревшем формате (например, в формате КОБРЫ). Возможный способ обновить вашу модель до SBML L3 с помощью fbc - это использовать импорт и экспорт cobrapy, т.е.
from cobra.io import read_sbml_model, write_sbml_model
model = read_sbml_model(input_path)
write_sbml_model(model, output_path)
При экспорте используется последняя версия FBC.
Предупреждения о пакетах являются лишь указанием на то, что соответствующая информация не используется в коберапии, т. Е. Ни разметка, ни визуализация информации не анализируются и не используются в контексте коберапии в настоящее время.
Stackru - не лучший форум для вопросов, связанных с коберапией. Лучшие публикации сообщений на https://github.com/opencobra/cobrapy/issues и вопросы, подобные вышеупомянутым на https://groups.google.com/forum/
Отказ от ответственности: я являюсь автором парсера cobrapy SBML.