Visual Studio 2019, симулятор Python и Neuron
У меня Visual Studio Community 2019 и работает. Я пытаюсь использовать Python с пакетом NEURON(7.2.536.15). У меня есть пакет нейронов в моей среде Python 3.7 (64 бит). Как загрузить симулятор нейронов в приложение Python?
Команда: import neuron создает: нет модуля с именем 'neuron' import NEURON создает: нет модуля с именем 'NEURON'
Как загрузить симулятор нейронов в VS Python
1 ответ
Короткий ответ:
Вам нужно будет скомпилировать NEURON из исходного кода, чтобы заставить 'import neuron' работать из Python. Даже это может быть связано с проблемами, так как официальный сайт NEURON говорит об этом на своей странице компиляции Win: " Инструкции здесь могут работать, а могут и не работать. '
Более детально:
Пакеты pip 'neuron' и 'pyneuron' идентичны и были выпущены другим набором разработчиков (не основных разработчиков NEURON), чтобы упростить импорт модуля нейронов под Win. Кажется, есть только поддержка Python 2.7 (и только 32-битная?). Смотрите: https://bitbucket.org/uric/pyneuron/wiki/Home
Были некоторые другие попытки разрешить "из импорта нейронов h" под Win: https://www.neuron.yale.edu/phpBB/viewtopic.php?t=2501
https://www.neuron.yale.edu/phpBB/viewtopic.php?f=5&t=2604
Если вы можете переключиться на 32-битный Python 2.7, пакет все еще может работать для вас.
В целом, однако, если вам нужно использовать NEURON+Python под VS/Windows, я могу предложить несколько альтернатив:
Попробуйте запустить NEURON с помощью команды nrniv -python yourfile.py
Этот метод успешно импортирует нейронный модуль. Недостатком является то, что сначала запускается NEURON, а затем запускается скрипт. Нет способа отложить загрузку NEURON.
Используйте виртуальную машину Ubuntu, но редактируйте файлы с помощью Visual Studio через сетевой ресурс виртуальной машины
Таким образом, вы будете использовать наиболее отлаженную версию NEURON, но при этом будете иметь преимущества использования Visual Studio / Windows.
Для отладки вам нужно настроить удаленную отладку на Python (например, https://donjayamanne.github.io/pythonVSCodeDocs/docs/debugging_remote-debugging/).
Если вы будете использовать этот маршрут, у меня есть учебник о том, как скомпилировать NEURON под Ubuntu и убедиться, что он может импортировать нейрон из Python:
Чтобы заставить общий сетевой ресурс работать, у меня есть еще одно руководство:
https://neurojustas.com/2018/03/27/tutorial-share-ubuntu-folder-with-windows/
Личный опыт
Я, как и вы, изначально пытался запускать NEURON и другие инструменты comp-neuro под Windows, но с годами узнал, что Windows обычно плохо поддерживается в сообществе comp-neuro. Их программное обеспечение, как правило, разрабатывается в первую очередь под Ubuntu или MacOS с периодическим тестированием / поддержкой под Win. Я даже заставил некоторые программы работать под Win, но быстро был перегружен проблемами с другими инструментами. Хотя мне приходилось преодолевать трудности, связанные с изучением Linux, качество программного обеспечения comp-neuro и его поддержка были лучше. Я запускаю Ubuntu VM на Windows, чтобы получить лучшее из обоих миров.