Пакет conda build R не работает из-за компилятора C
Я пытаюсь установить пакет R под названием rcdd с помощью conda build и есть проблема с компилятором C. Обратите внимание, что эта проблема выглядит очень похоже на сбой пакета Conda build R при проблеме компилятора C в MacOS Mojave, однако, поскольку (i) этот вопрос остается без ответа, и (ii) это относится к другому пакету, я думаю, что это не повторяющийся вопрос.
Я использую MacOS Mojave, conda 4.6.8. В новой среде Конда с r-base а также r-essentials установил, стараюсь
conda install conda-build
conda skeleton cran --recursive rcdd
conda build r-rcdd
и получите следующую ошибку
* installing *source* package ‘rcdd’ ...
** package ‘rcdd’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... x86_64-apple-darwin13.4.0-clang
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/Users/pjethwa/miniconda3/envs/r_env/conda-bld/r-rcdd_1553173041138/work':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘rcdd’
Файл config.log содержит то же сообщение об ошибке. Та же самая ошибка также появляется, когда я пытаюсь установить непосредственно от R - то есть используя install.packages('rcdd'), Однако я могу установить этот пакет, используя версию R, которая не была установлена conda. Это решение неудовлетворительно, поскольку я хотел бы использовать rpy2 для взаимодействия Python и R, что, по-видимому, требует, чтобы R был установлен conda (например, см. Ошибка получения сегментации Ошибка сброса ядра при импорте robjects из rpy2)
Мои версии clang/gcc:
(r_env) myusername:~ clang --version
clang version 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)
Target: x86_64-apple-darwin18.2.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Users/myusername/miniconda3/envs/r_env/bin
(r_env) myusername:~ gcc --version
Configured with: --prefix=/Library/Developer/CommandLineTools/usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 10.0.0 (clang-1000.10.44.4)
Target: x86_64-apple-darwin18.2.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin