Создать список ребер из сети соавторства в R

Question

Я пытаюсь создать список краев с помощью igraph для проекта анализа соавторства в сети. Мои данные хранятся таким образом, что каждый автор конкретной статьи прослушивается в строках, что означает, что каждая статья является наблюдением, а столбцы содержат авторов этой статьи.

Можно ли использовать функцию combn для создания списка ребер каждой комбинации авторов в каждой статье?

Answer 1

Я думаю, вам придется делать это один за другим, но вы можете собрать их все вместе, используя do.call('c',...)

library(utils)


## original data as a list
data.in  = list(c(1,2,3),c(4,5),c(3),c(1,4,6))

## function that makes all pairs
f.pair.up <- function(x) {
n = length(x)
if (n<2) {
  res <- NULL
} else {
  q <- combn(n,2)
  x2 <- x[q]
  #dim(x2) <- dim(q)
  res <- x2
}
return(res)
}

## for each paper create all author pairs (as a flat vector)
data.pairs.bypaper = lapply(data.in,f.pair.up)

## remove papers that contribute no edges
data.pairs.noedge = sapply(data.pairs.bypaper,is.null)
data.pairs2.bypaper <- data.pairs.bypaper[!data.pairs.noedge]

## combine all 'subgraphs'
data.pairs.all <- do.call('c',data.pairs2.bypaper)

## how many authors are there?
n.authors <- length(unique(data.pairs.all))

## make a graph
my.graph = graph(data.pairs.all,directed=FALSE,n=n.authors)

## plot it
tkplot(my.graph)