Запишите огромные массивы в один файл, используя MPI-IO с указателем общего файла
Я пытаюсь записать несколько длинных распределенных массивов в один файл, используя MPI-I/O (реализация OpenMPI) с указателем общего файла. Я получаю следующие сообщения об ошибках
lseek: неверный аргумент
НАПИСАТЬ ОТКАЗ
Я подготовил упрощенный фрагмент кода, чтобы воспроизвести проблему.
long long globalUpperBnd = 2200000000;// more than size of int
long long average = globalUpperBnd/commSize;
long long length = (commRank == commSize-1) ? globalUpperBnd-(average*commRank) : average;
char *buf = new char[length];
... // fill the buffer
MPI_File file;
MPI_File_open(comm, "test.bin", MPI_MODE_CREATE|MPI_MODE_WRONLY, MPI_INFO_NULL, &file);
MPI_File_set_view(file, 0, MPI_BYTE, MPI_BYTE, "native", MPI_INFO_NULL);
MPI_File_write_ordered(file, buf, length, MPI_BYTE, MPI_STATUS_IGNORE);
// here I got an error message
MPI_File_write_ordered(file, buf, length, MPI_BYTE, MPI_STATUS_IGNORE);
MPI_File_close(&file);
delete []buf;
Это выглядит как MPI_Offset
просто int
и второй звонок MPI_File_write_ordered
причины MPI_Offset
переполнение, смещение становится отрицательным. Интересно, что запись одного и того же объема данных может быть успешно выполнена умножением globalUpperBnd
на 2 и звонит MPI_File_write_ordered
только раз. Так выглядит MPI_File_write_ordered
как-то избегает смещения переполнения.
Я использую 64-битную библиотеку OpenMPI.
Есть ли обходной путь для этого случая?
1 ответ
Я думаю, что обходной путь - обновить вашу реализацию MPI. И OpenMPI, и MPICH работали над подобными "огромными ошибками ввода-вывода" - указатели на общие файлы не привлекают к себе большого внимания, но я думаю, что в прошлом году или около того исправления ошибок должны были об этом позаботиться.