R: ggplot2: избегайте точек пересечения и формирования цвета

Question

Я новичок в SO и относительно новичок в R, поэтому, пожалуйста, будьте спокойны со мной!

Это мой сценарий: у меня есть фрейм данных, который имеет 24 мета-аналитических распределения (Dist1-Dist24). Для каждого распределения у меня есть семь оценок соответствующего метааналитического среднего размера эффекта до удаления выбросов (ES1.before-ES7.before) и семь оценок после удаления выбросов (ES1.after-ES7.after). Таким образом, может быть в общей сложности 14 баллов за распределение.

Что я могу сделать: используя приведенный ниже фрейм данных и скрипт, я могу построить все оценки для каждого распределения.

Вот мой фрейм данных, который разделен с помощью "|" (Труба). Обратите внимание, что некоторые ячейки преднамеренно пусты.

|x|ES1.before|ES2.before|ES3.before|ES4.before|ES5.before|ES6.before|ES7.before|ES1.after|ES2.after|ES3.after|ES4.after|ES5.after|ES6.after|ES7.after|
|Dist 1|-0.10|-0.1|-0.02|-0.04|-0.13|-0.03|0.00|-0.09|-0.09|-0.04|-0.06|-0.11|-0.03|-0.010|
|Dist 2|-0.11|-0.11|-0.06|-0.07|-0.14|-0.08|-0.06|-0.09|-0.09|-0.06|-0.07|-0.11|-0.08|-0.06|
|Dist 3|-0.12|-0.13|-0.03|-0.12|-0.15|-0.07|-0.02|-0.09|-0.09|-0.03|-0.04|-0.11|-0.04|0.00|
|Dist 4|-0.09|-0.09|-0.03|-0.04|-0.13|-0.05|-0.01|-0.11|-0.11|-0.06|-0.08|-0.13|-0.06|-0.05|
|Dist 5|-0.17|-0.17|-0.13|-0.13|-0.19|-0.11|-0.13|-0.16|-0.16|-0.13|-0.12|-0.18|-0.11|-0.13|
|Dist 6|-0.10|-0.10|-0.03|-0.04|-0.13|-0.04|-0.02|-0.08|-0.08|-0.04|-0.04|-0.10|-0.03|-0.02|
|Dist 7|-0.07|-0.07|-0.02|-0.02|-0.09|-0.06|-0.01|-0.08|-0.08|-0.03|-0.07|-0.09|-0.10|-0.01|
|Dist 8|-0.04|-0.05|0.00|-0.04|-0.09|-0.01|-0.01|-0.03|-0.03|-0.01|-0.01|-0.06|-0.01|0.00|
|Dist 9|-0.15|-0.15|-0.08|-0.11|-0.17|-0.08|-0.05|-0.12|-0.12|-0.08|-0.11|-0.14|-0.08|-0.07|
|Dist 10|-0.09|-0.09|-0.03|-0.05|-0.12|-0.03|0.00|-0.08|-0.09|-0.02|-0.05|-0.10|-0.03|0.00|
|Dist 11|-0.12|-0.09|-0.02|-0.02|-0.14|0|0.01|-0.12|-0.12|-0.07|-0.07|-0.13|-0.09|0.08|
|Dist 12|-0.07|-0.07|-0.02|-0.02|-0.11|-0.02|-0.01|
|Dist 13|-0.09|-0.09|-0.03|-0.05|-0.13|-0.03|-0.01|-0.07|-0.07|-0.03|-0.04|-0.09|-0.01|-0.01|
|Dist 14|-0.1|-0.09|-0.04|-0.06|-0.12|-0.05|-0.01|-0.12|-0.12|-0.05|-0.12|-0.14|-0.09|0.01|
|Dist 15|-0.05|-0.05|-0.04|-0.04|-0.04|-0.04|-0.03|
|Dist 16|-0.17|-0.17|-0.07|-0.11|-0.20|-0.09|-0.03|-0.16|-0.16|-0.07|-0.11|-0.18|-0.09|-0.07|
|Dist 17|-0.18|-0.18|-0.06|-0.18|-0.23|-0.09|-0.11|                     
|Dist 18|-0.23|-0.23|-0.05|-0.21|-0.26|-0.15|0.01|-0.11|-0.10|-0.04|-0.11|-0.12|-0.09|0.02|
|Dist 19|-0.07|-0.07|-0.02|-0.02|-0.12|-0.05|-0.01|-0.06|-0.06|-0.03|-0.03|-0.07|-0.02|0.00|
|Dist 20|-0.10|-0.10|-0.04|-0.07|-0.13|-0.06|-0.02|-0.10|-0.10|-0.04|-0.08|-0.12|-0.06|-0.02|
|Dist 21|-0.10|-0.10|-0.03|-0.05|-0.13|-0.04|-0.01|-0.09|-0.09|-0.05|-0.07|-0.11|-0.06|-0.05|
|Dist 22|-0.15|-0.15|-0.15|-0.15|-0.19|-0.04|-0.11|
|Dist 23|-0.11|-0.11|-0.05|-0.06|-0.14|-0.03|0.03|
|Dist 24|-0.10|-0.10|-0.04|-0.06|-0.16|-0.03|-0.05|-0.10|-0.10|-0.06|-0.07|-0.13|-0.04|-0.05|

Вот мой код:

# setwd("your path")

# install packages
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
install.packages("reshape2")
library(reshape2)
windowsFonts(TNR = windowsFont("Times New Roman"))

# load the data 
d1 <- read.table(file.choose(), sep=",", header=TRUE)

# normalize the data (i.e., convert into 'long' form)
dat1 = melt(d1, id.vars = "x")

# Set x factor order in order that appears in data
dat1$x = factor(dat1$x, levels = unique(dat1$x))

# Begin plotting
Fig1 <- ggplot(dat1, aes(x=x, y= value))+
    geom_point(aes(shape = variable)) +
    geom_line(data=dat1[!is.na(dat1$value),]) +
    scale_shape_manual(values = 0:13) +
    geom_hline(yintercept = 0, linetype=2) +
    coord_flip() +
    xlab('Distribution') +
    ylab('Effect size') +
    ylim(-.30, .05)

Fig1 <- Fig1 + 
    theme_bw() + 
    theme(panel.border = element_blank(), 
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(), 
          axis.line.x = element_line(colour = "black"),
          axis.line.y = element_line(colour = "black"),
          axis.text.x = element_text(size = 8),
          axis.text.y = element_text(size = 8),
          legend.position = ("bottom"),
          legend.title=element_blank(),
          legend.text=element_text(size=8),
          legend.key = element_rect(colour = NA))

Fig1

Вот рисунок, который я могу произвести:

Распределение величин эффекта

Обратите внимание, что (1) кадр данных, (2) синтаксис и (3) график можно найти в папке Dropbox здесь

У меня есть два вопроса:

(1) Могут ли ES1.before и ES1.after (и т. Д.) Иметь одинаковую форму, но иметь разные цвета? Например, есть ли способ иметь ES1.before как синюю форму и ES1.after как красную форму, ES2.before и ES2.after как другую синюю и красную форму соответственно и т. Д.?

(2) В настоящее время формы перекрываются, когда значения размера эффекта совпадают. Есть ли способ сложить фигуры друг на друга, если значения размера эффекта одинаковы? Обратите внимание, что я много играл с функциями "dodge" и "jitter", но не смог найти решения.

Спасибо всем, кто готов мне помочь:) Прошу прощения, если что-то неясно. Я буду очень рад прояснить все, что неясно.

Answer 1

Это работает для вас? В ggplot, если вы хотите раскрасить или придать форму, лучше всего создать переменную, для которой вы хотите настроить эстетику, по отдельным столбцам в вашем графике data_frame. Так что я просто переместился до / после в свой собственный столбец, удалил его из переменной.

library(dplyr)
library(magrittr)
library(ggbeeswarm)
dat1 %<>% mutate(time = gsub(".*\\.", "", variable),
             variable = gsub("\\..*", "", variable))

# Begin plotting
Fig1 <- ggplot(dat1, aes(x=x, y= value, colour = time, group = variable))+
    geom_point(aes(shape = variable), position = position_quasirandom()) +
    geom_line(data=dat1[!is.na(dat1$value),], aes(colour = NULL, group = NULL)) +
    scale_shape_manual(values = 0:13) +
    geom_hline(yintercept = 0, linetype=2) +
    coord_flip() +
    xlab('Distribution') +
    ylab('Effect size') +
    ylim(-.30, .05)

Fig1 <- Fig1 + 
    theme_bw() + 
    theme(panel.border = element_blank(), 
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(), 
          axis.line.x = element_line(colour = "black"),
          axis.line.y = element_line(colour = "black"),
          axis.text.x = element_text(size = 8),
          axis.text.y = element_text(size = 8),
          legend.position = ("bottom"),
          legend.title=element_blank(),
          legend.text=element_text(size=8),
          legend.key = element_rect(colour = NA))

Fig1

# Bonus: Instead of setting all of those theme parameters each time try theme_set
# if you call this at the start of your script all of your plots will inherit these attributes
# these are just what I use regularly
theme_set(theme_light() + theme(axis.title = element_text(size = rel(1.5)),
                            axis.text = element_text(size = rel(1.5)),
                            plot.title = element_text(size = rel(2)),
                            strip.text = element_text(size = rel(1.5)),
                            legend.title = element_text(size = rel(1.5), face = "bold"),
                            legend.text = element_text(size = rel(1.5)),
                            axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = .5)))