Задание пути для setwd() задерживается в цикле for/foreach
Цель состоит в том, чтобы изменить внутри цикла for текущий рабочий каталог и выполнить в нем другие действия, например, поиск файлов. Пути хранятся в общих переменных. Код R, который я использую для этого, следующий:
require("foreach")
# The following lines are generated by an external tool and stored in filePath.info
# Loaded via source("filePaths.info")
result1 <- '/home/user/folder1'
result2 <- '/home/user/folder2'
result3 <- '/home/user/folder3'
number_results <- 3
# So I know that I have all in all 3 folders with results by number_results
# and that the variable name that contains the path to the results is generic:
# string "result" plus 1:number_results.
# Now I want to switch to each result path and do some computation within each folder
start_dir <- getwd()
print(paste0("start_dir: ",start_dir))
# For every result folder switch into the directory of the folder
foreach(i=1:number_results) %do% {
# for (i in 1:number_results){ leads to the same output
# Assign path in variable, not the variable name as string: current_variable <- result1 (not string "result1")
current_variable <- eval(parse(text = paste0("result", i)))
print(paste0(current_variable, " in interation_", i))
# Set working directory to string in variable current_variable
current_dir <- setwd(current_variable)
print(paste0("current_dir: ",current_dir))
# DO SOME OTHER STUFF WITH FILES IN THE CURRENT FOLDER
}
# Switch back into original directory
current_dir <- setwd(start_dir)
print(paste0("end_dir: ",current_dir))
Вывод следующий...
[1] "start_dir: /home/user"
[1] "/home/user/folder1 in interation_1"
[1] "current_dir: /home/user"
[1] "/home/user/folder2 in interation_2"
[1] "current_dir: /home/user/folder1"
[1] "/home/user/folder3 in interation_3"
[1] "current_dir: /home/user/folder2"
[1] "end_dir: /home/user/folder3"
... хотя я бы ожидал этого:
[1] "start_dir: /home/user"
[1] "/home/user/folder1 in interation_1"
[1] "current_dir: /home/user/folder1"
[1] "/home/user/folder2 in interation_2"
[1] "current_dir: /home/user/folder2"
[1] "/home/user/folder3 in interation_3"
[1] "current_dir: /home/user/folder3"
[1] "end_dir: /home/user/"
Так что получается, что путь, назначенный current_dir, несколько "позади"...
Почему это так? Поскольку я далек от того, чтобы быть экспертом по R, я понятия не имею, что вызывает это поведение, и самое важное, как получить желаемое поведение. Так что любая помощь, подсказка, исправление / оптимизация кода будут высоко оценены!
R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
1 ответ
От ?setwd
страница справки...
setwd
возвращает текущий каталог до изменения, невидимо и с теми же соглашениями, что иgetwd
, Он выдаст ошибку, если не удастся (в том числе, если она не будет реализована).
Итак, когда вы делаете
current_dir <- setwd(current_variable)
print(paste0("current_dir: ",current_dir))
Вы не получаете "текущий" каталог, вы получаете предыдущий. Вы должны использовать getwd()
чтобы получить текущий
setwd(current_variable)
current_dir <- getwd()
print(paste0("current_dir: ",current_dir))